Mikrobiom kolonizující střevo může ovlivňovat rozvoj různých onemocnění, včetně kolorektálního karcinomu (KRK). Bakterie mohou ovlivňovat vývoj onemocnění svými metabolity, invazí do epiteliálních buněk nebo interakcemi s imunitními buňkami. Cyklomodulíny jsou bakteriální toxiny a efektory, které interferují s buněčným cyklem eukaryotické buňky.
Hlavním cílem práce je provést asociaci cyklomodulínů s bakteriální kompozicí pacientů s kolorektálním karcinomem získanou pomocí 16S rRNA sekvenováni. Výsledky budou porovnány se skupinou zdravých jedinců.

Konkrétně, student/ka:
- provede srovnání počtu kopií jednotlivých cyklomodulinových genů a složení mikrobiomu mezi pacienty s KRK a zdravými jedinci
- asociuje počty cyklomodulinových genů s mikrobiálními podtypy KRK
V analýze budou k dispozici data od 105 pacientů s KRK a 139 zdravých kontrol, konkrétně:
- složení mikrobiomu ze stolice s pomocí sekvenace 16S rRNA genu
- kvantifikace cyklomodulínových genů s pomocí qPCR

Doporučená literatura:
Zwinsová, B. et al. Colorectal Tumour Mucosa Microbiome Is Enriched in Oral Pathogens and Defines Three Subtypes That Correlate with Markers of Tumour Progression. Cancers 2021, 13, 4799. https://doi.org/10.3390/cancers13194799
Piciocchi, A. et al. Association of Polygenic Risk Score and Bacterial Toxins at Screening Colonoscopy with Colorectal Cancer Progression: A Multicenter Case-Control Study. Toxins 2021, 13, 569. https://doi.org/10.3390/toxins13080569
Fulbright, L.E. et al. The microbiome and the hallmarks of cancer. PLoS Pathog. 2017, 13, e1006480. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006480