Diplomová práce

Data warehouse for long term storage and processing of biochemical data

Bc. Radim Šašinka, učo 456315
Anotace

Cílem této práce bylo navrhnout předělání existujícího nástroje Run repository, který slouží pro zpracování genomických dat na ústavu RECETOX Masarykovy university, Přírodovědecké fakulty. Hlavním zaměřením práce bylo analyzovat chyby a nedostatky stávajícího řešení a navrhnout a implementovat prototyp, který by řešil nalezené problémy. První část práce se zabývá biologickým pozadím dat a následně …více

Abstract

The aim of this thesis was to reconstruct the original solution of the Run repository which served for data processing of genomic sequences for the RECETOX of the Faculty of Science at Masaryk University. The main goal was to analyse flaws and shortcomings in the original solution, and design and implement a prototype, that would resolve these problems. The first half of this thesis describes the biological …více

Zadání práce
Laboratoře Centra Recetox získávají zpracovávají a ukládají rozsáhlá data týkající se výzkumu kvality životního prostředí a jeho vlivu na lidské zdraví. Data jsou zpravidla výsledkem dlouhodobých studií, je třeba je spolehlivě dlouhodobě uložit a poskytnout nástroje k jejich prohledávání a dalšímu výpočetnímu zpracování.

Tato diplomová práce navazuje na předchozí práci "Správa identifikátorů v rozsáhlé výzkumné infrastruktuře", která poskytla základní koncept zachycení typů datových i fyzických objektů (např. účastníci studií, odebrané biologické vzorky, vzniklé datové soubory) a vztahů mezi nimi.

V teoretické části práce detailně zdokumentuje pilotní případ analýzy genomických dat, tj. jaká data v jaké fázi zpracování vznikají, kde jsou uložena, jak jsou navázána na další systémy (řízení laboratoře, biobanka apod.), jak jsou výpočetně zpracovávána a jaké jsou požadované výstupy k jejich další analýze a ve spolupráci s konzultanty bude navrženo technické řešení. Dále budou diskutovány možnosti rozšíření modelu pro další typy dat. V praktické části bude kladen důraz na implementaci "end-to-end" řešení, od pořízení primárních dat a jejich nahrání do systému, automatizované provedení definovaných výpočetních kroků, a zpřístupnění výsledků k dalším analýzám.

V práci se nepředpokládá extenzivní vývoj vlastního kódu, cílem je především komplexní integrace existujících komponent do funkčního celku a její řádné zdokumentování.

Práce zkontrolována:
17. 12. 2021 16:27, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
2. 2. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
ANKO DITI ÚVT MU

Oponent

RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685
ANKO DITI ÚVT MU

Konzultanti

Mgr. Richard Hůlek, učo 172775
Infra RECETOX PřF MU
Ing. Gabriela Karásková, učo 242268
CERIT SC Infra RECETOX PřF MU

Literatura

  • The Kimball Group readerrelentlessly practical tools for data warehousing and business intelligence. Edited by Ralph Kimball - Margy Ross. Indianpolis, IN: Wiley, 2010, xxiv, 718. ISBN 0470563109.
  • KIMBALL, Ralph a Margy ROSS. Data warehouse toolkit : the definitive guide to dimensional modeling. Third edition. Indianapolis: John Wiley & Sons, 2013, xxxiv, 564. ISBN 9781118530801.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.