Výskyt specifických genů antibiotické resistence (ARG) u bakterií je důležitou informací při směřování léčby infikovaných pacientů. Znalost specifických přítomných genů umožňuje cílenější podání antibiotik a tím individualizaci léčby pacientů. Analýza mikrobiomu umožňuje odhalit geny, které se vyskytují v daném prostředí a tím usuzovat na vlastnosti celé populace. Cílem práce je otestovat různé nástroje pro identifikaci ARG v datech z whole-metagenome sekvenování. Následně navrhnout metodiku porovnání identifikovaných ARG mezi jednotlivými nástroji a daty z Resistomapu. Student/ka v této práci: 1. Nastuduje a popíše metody identifikace ARG genů. 2. Vhodným způsobem identifikuje geny ARG ve WMGS datech. 3. Navrhne metodiku porovnání dat z WMGS a Resistomapu. 4. Metodiku implementuje ve vhodném programovacím prostředí. 5. Interpretuje a vyhodnotí metody pro identifikaci z WMGS s použitím Resitomapu jako ground-truth. Doporučená literatura: 1. KONECNA, Eva; VIDENSKA, Petra; BURESOVA, Lucie; URIK, Milan; SMETANOVA, Sona et al. Enrichment of human nasopharyngeal bacteriome with bacteria from dust after short-term exposure to indoor environment: a pilot study. Online. BMC Microbiology. 2023, roč. 23, č. 1. ISSN 1471-2180. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12866-023-02951-5. [cit. 2024-01-02]. 2. ZHOU, Zhen-Chao; LIU, Yang; LIN, Ze-Jun; SHUAI, Xin-Yi; ZHU, Lin et al. Spread of antibiotic resistance genes and microbiota in airborne particulate matter, dust, and human airways in the urban hospital. Online. Environment International. 2021, roč. 153. ISSN 01604120. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106501. [cit. 2024-01-02].