Diplomová práce

Charakterizace mutací způsobujících aktivaci pseudoexonů

Characterization of mutations that result in pseudoexon activaton

Bc. Monika Kopečková
Anotace

Pro fungování eukaryotických organismů je důležitý správný sestřih pre-mRNA. Sestřih může být ovlivněn velkým počtem faktorů, jako je síla sestřihových míst a jejich vzdálenost, stejně tak i sekundární struktura RNA. Nejen toto vše mohou ovlivnit mutace, které v intronech mohou vyústit v začlenění pseudoexonů. Následně může docházet k produkci aberantního proteinu, nebo se potřebná bílkovina nemusí tvořit vůbec.

Abstract

Proper pre-mRNA splicing is crucial for all eucariotic living organisms. Splicing may be affected by huge amount of conditions such as strenght of splice sites and their distance as well as secondary structure of RNA. All these variables (and many others) might be affected by mutations. Intronic mutations may cause inclusion of pseudoexon. After that aberrant protein is made or the necessary protein is not produced at all.

Zadání práce
Sestřih je zásadním krokem posttranskripční úpravy pre-mRNA, kterému podléhá převážná většina genů kódujících proteiny. V podobě alternativního sestřihu umožňuje diverzifikaci jednotlivých RNA/proteinů a následně i buněčných typů a tkání. Poruchy sestřihu pre-mRNA jsou zodpovědné za přibližně 20 % monogenně dedičných onemocnění. Mutace, které ovlivňují sestřih pre-mRNA, obvykle vedou k vynechání exonu nebo k využití ektopického, tzv. kryptického místa sestřihu. (Jedná se o místo sestřihu, které se za běžných okolností nevyužívá, ale může být aktivované blízkou mutací.) Vzácněji může dojít k aktivaci pseudoexonu, tedy k exonizaci původně intronové sekvence. Nejčastěji tak, že mutace vytvoří nové místo sestřihu uvnitř intronu, které si najde protějšek v podobě dalšího intronového, kryptického, místa sestřihu. Mechanizmů aktivace pseudoexonů je však více a nejsou do detailů pochopené. S pouhou znalostí samotné mutace je velmi obtížné odhadnout, zda dojde k využití intronových míst sestřihu a tedy k aktivaci pseudoexonu. Existující predikční nástroje pomohou odhadnout kvalitu sestřihových regulátorů v dané sekvenční oblasti, avšak v predikci funkčního významu mutací mají stále značné rezervy. Proto se tato diplomová práce zaměří na charakterizaci mutací, které jsou schopné pseudoexony aktivovat. Detekce těchto mutací proběhne pomocí vysokokapacitní sestřihové analýzy, jejich charakterizace potom bude spočívat zejména v in silico predikcích vlivu těchto mutací na sílu míst sestřihu, jakož i na další sestřihové elementy, případně i v charakterizaci změněných vazeb regulačních faktorů sestřihu. Základním metodickým přístupem bude sestřihová minigenová analýza, tedy klonování, arteficiální mutageneze, transfekce a RT-PCR, s navazujícím sekvenováním nové generace.
Práce zkontrolována:
19. 6. 2020 14:14, Mgr. Lucie Grodecká, Ph.D., učo 77720
Plný text práce
1,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
29. 6. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Lucie Grodecká, Ph.D., učo 77720
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
LGen CMM CEITEC MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.