Diplomová práce

Výpočet obsahu a objemu molekulárního povrchu

Calculation of surface area and volume of molecules

Bc. Jiří Klimeš
Anotace

Cílem této diplomové práce je vytvořit dva programy, jeden pro výpočet na CPU, druhý, paralelizovaný, pro výpočet na GPU, implementující efektivní algoritmus výpočtu objemu a obsahu molekulárního solvent-excluded (SES) povrchu. V textu práce se nachází představení historie a významu molekulárních povrchů a jejich analytická definice. Dále jsou zde probrány implementační detaily obou programů, včetně …více

Abstract

The goal of this thesis is to create two programs, one for calculation on CPU, the other for calculation on GPU, which implement an effective algorithm for the calculation of the volume and surface area of the solvent-excluded (SES) molecular surface. The history and the importance of the molecular surfaces are discussed in the thesis and the analytical definition of the molecular surface is also defined …více

Klíčová slova
OpenCL C++ .NET molekulární povrch paralelní výpočet solvent-excluded povrch výpočet objemu výpočet povrchu pláště časová složitost paměťová složitost
Zadání práce
Cílem diplomové práce je implementovat výpočet obsahu tzv. Solvent-excluded (SES) povrchu, který je definován analyticky a již předpočítán pomocí GPU implementace tzv. Contour-buildup algoritmu. V rámci práce se student nejprve seznámí s van der Waals, Solvent-accessible (SAS) a SES povrchy molekul, jejich reprezentací a způsoby výpočtu. Následně student implementuje výpočet SES povrchu nejprve pro CPU a poté i pro GPU. Dále student implementuje podobným způsobem i výpočet objemu molekuly, kterým je SES povrchem definován. Implementace vyjde z již existující literatury. V rámci textové části práce budou definovány výše zmíněné povrchy a objemy, dále budou diskutovány stávající řešení a přínos této práce. Součástí textu bude také popis výsledné implementace se zaměřením na GPU. Text bude také obsahovat diskuzi kvality výsledků a časové i paměťové náročnosti výpočtů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2017 11:43, RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
Plný text práce
3 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
22. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Oponent

RNDr. Jan Čejka, Ph.D.
KVI FI MU

Literatura

  • JURČÍK, Adam; Julius PARULEK; Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Accelerated Visualization of Transparent Molecular Surfaces in Molecular Dynamics. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2016. Taipei, Taiwan: IEEE, 2016, s. 112-119. ISBN 978-1-5090-1451-4. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/PACIFICVIS.2016.7465258.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.