Doména Archaea byla od svého objevení po dlouhou dobu považována za různorodý soubor kolonizátorů extrémního prostředí, jejichž vliv byl pro lidské zdraví zanedbatelný. Až v poslední době, zejména s rozvojem citlivějších technik a porozumění problematice kultivace těchto mikroorganizmů se ukázalo, že jsou nejen součástí přirozeného lidského mikrobiomu, ale mohou mít i vliv na lidské zdraví. Řada publikací experimentálně prokázala schopnost archaeí interagovat s lidským imunitním systémem a vyvolat jeho odpověď, přičemž došlo k popsání antigenních struktur i samotných mechanizmů. Dokázán byl i přímý vztah mezi přítomností archaea a závažností infekcí ústní dutiny, stejně jako spojitost mezi jejich výskytem a diverzitou při onemocněních gastrointestinálního traktu. Průkaz archaea přímo v infekčních ložiscích může rovněž napovídat, že jsou tyto mikroorganizmy nějakým způsobem zapojeny do mechanizmů lidské patogeneze. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o problematice výskytu archaea a jejich případném vztahu s lidskými onemocněními.