Bakalářská práce

Predikce teploty tání proteinů na základě strojového učení pro objevování stabilních biokatalyzátorů

Machine learning-based prediction of protein melting temperatures for discovery of stable biocatalysts

Karen Pailozian
Anotace

Stabilita proteinů je důležitou vlastností ovlivňující fungování biokatalyzátorů. Stabilní biokatalyzátory mohou zvýšit účinnost reakcí a najít uplatnění v průmyslu místo chemických katalyzátorů. V poslední době se k určování stabilních proteinů na základě jejich aminokyselinových sekvencí aktivně používají techniky strojového učení. Protože bod tání bílkovin silně koreluje se stabilitou, je to jedna …více

Abstract

Protein stability is an important property affecting the functioning of biocatalysts. Stable biocatalysts can improve reaction efficiency and find applications in industry instead of chemical catalysts. Recently, machine learning techniques have been actively deployed to determine stable proteins based on their amino acid sequences. As protein melting point strongly correlates with stability, it is …více

Zadání práce

Despite recent progress in high-throughput protein characterization, protein databases remain largely unannotated, presenting ample opportunities for discovering promising biocatalysts. One of their major desired properties is high protein stability [1,2]. However, the complexity of the mechanisms governing protein stability makes its prediction still an unresolved problem. Due to the growing amount of experimental data, the recent progress in tackling this problem is based on machine learning methods [3].

This project aims to extract the available data from the literature, replicate the protocol in [3], and build upon it by using more advanced feature-generating tools and a more comprehensive range of machine learning methods. The practical part of the thesis will be based on using the Python environment and scikit-learn library.

Práce zkontrolována:
22. 5. 2023 09:11, Stanislav Mazurenko, PhD, učo 235907
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
28. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Stanislav Mazurenko, PhD, učo 235907
ArtInt ProtIng RECETOX PřF MU

Oponent

doc. Ing. Vlad Calin Popovici, PhD, učo 118944
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.