MicroRNA (miRNA) jsou průměrně 22 nukleotidů dlouhé nekódující RNA, které se účastní regulace genové exprese v mnoha fyziologických i patologických procesech. V lidském genomu je zatím identifikováno 1600 prekurzorových miRNA a z toho 323 je kódováno polycistroními geny. To jsou takové geny, ze kterých po transkripci vznikne více než jedna prekurzorová (a později maturovaná) miRNA. O takovýchto miRNA mluvíme jako o klastrovaných. Jednou z definic klastru je, že vzdálenost mezi dvěma miRNA na stejně orientovaném vlákně nesmí být větší než 10000 nukleotidů a je předpoklad existence společného promotoru. Bylo opakovaně popsáno, že klastrované miRNA jsou na počátku přepisovány jako jeden celek, ale výsledná exprese maturovaných miRNA tohoto klastru se signifikantně liší. Předpokládáme, že sekvence, které jsou v blízkosti miRNA nebo jsou přímo její součástí, budou mít k rozdílné expresi určitý vztah a mohou být zodpovědné za pozorované rozdíly v expresi polycistroních miRNA.
RNA-Seq protokol nám dovoluje analyzovat miRNA expresi ve velkém rozsahu a s vysokou přesností. Právě využití dat ze sekvenátorů příští generace nám může pomoci při analýze a identifikování vztahů mezi expresí a sekvencí v okolí miRNA a objasnit fenomén popsaný výše.
Cíle práce:

• Nastudovat a vypracovat postup analýzy expresních dat z RNA-Seq experimentu zaměřeného na expresi miRNA a ostatních malých RNA
• Vybrat vhodné datasety z veřejně dostupných databází a aplikovat vytvořený postup pro získání údajů o jednotlivých exprimovaných miRNA
• Vytvořit seznam vhodných klastrů pro ověření hypotéz
• Analyzovat sekvence v blízkosti miRNA a pokusit se najít vztahy mezi sekvencemi a expresí miRNA
• Identifikovat další možné faktory, které by také mohly mít vliv na studovaný problém