Bakalářská práce

Aplikace sekvenování nové generace pro fylogenetickou analýzu bakteriálních genomů a metagenomiku

Applications of next-generation sequencing for phylogenetic analysis of microbial genomes and metagenomics

Vojtěch Kovařovic, učo 408266
Anotace

Tato práce popisuje využití sekvenování nové generace pro klasifikaci bakteriálních druhů, diagnostiku klinicky významných kmenů a metagenomiku. V práci je nejprve představena historie sekvenování DNA a principy současných sekvenátorů nové generace, přičemž se práce podrobněji zaměřuje na polovodičové sekvenování. Dále jsou popsány bioinformatické nástroje pro komplementaci sekvence, detekci jednonukelotidových …více

Abstract

The thesis describes the use of next-generation sequencing for the classification of microbial species, diagnostics clinicaly important strains and metagenomics. At the beginning, the thesis presents the history of the DNA sequencing and principles of contemporary next-generation sequencers, especially of the semiconductor sequencing. The next part describes bioinformatics instruments used for sequence …více

Klíčová slova
sekvenování nové generace metagenomika bioinformatika sekvenování DNA celogenomové sekvenování taxonomie prokaryot Ion Torrent next-generation sequencing metagenomics bioinformatics DNA sequencing whole genome sequencing microbial taxonomy
Zadání práce
Cílem bakalářské práce bude shrnout možnosti současných metod sekvenování nové generace pro analýzu bakteriálních genomů při taxonomických studiích, metagenomickou analýzu a analýzu nekultivovatelných bakterií, případně i využití pro analýzu exprese bakteriálních genů. Stručně bude uveden vývoj metod sekvenování druhé a třetí generace. Podrobně se práce zaměří na využití PGM IonTorrent (polovodičové sekvenování).
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
13. 5. 2015 06:58, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
Plný text práce
1,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
8. 6. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.