Diplomová práce

Rychlá vizualizace molekulárních dat pomocí GPU

Accelerated molecular data visualization using GPU

Bc. Jakub Kremláček, učo 410131
Anotace

Díky dostupnému výkonu jsou současná GPU běžně využívána jak ke zrychlování výpočtů nad molekulárními daty, tak i k vizualizaci těchto dat. Cílem práce je umožnit snadné využití GPU výpočtů v rámci aplikace CAVER Analyst. Byla provedena analýza dostupných API a knihoven, které dané API zpřístupňují. Na základě výsledků analýzy byla zvolena technologie OpenCL a knihovna LWJGL. S pomocí zvolených technologií …více

Abstract

Nowadays current GPUs are commonly used to accelerate molecular data calculations as well as to visualize these data. The aim of this thesis is to enable GPU calculations within CAVER Analyst in an easy to use manner. First, the analysis of available APIs and the libraries that employ them is presented. Based on the results of the analysis, the OpenCL technology and the LWJGL library were chosen. Then …více

Klíčová slova
OpenCL LWJGL CAVER Analyst GPU framework Contour-Buildup paralelní výpočty
Zadání práce

Akcelerace výpočtů grafickými kartami (GPU) už dnes není doménou pouze specializovaných výpočetních karet. Naopak, výkonná GPU jsou cenově dostupná a široce rozšířená i v počítačích běžných uživatelů. Tato dostupnost mimo jiné ovlivňuje techniky užívané k vizualizaci molekulárních dat.

Cílem práce je rozšířit aplikaci pro vizualizaci molekulárních dat CAVER Analyst o možnost využívat GPU k obecným výpočtům. Konkrétně se práce zaměří na:
  • Nastudování a výběr vhodných technologií pro GPU výpočty.
  • Návrh a implementaci frameworku pro programování GPU výpočtů v prostředí aplikace CAVER Analyst.
  • Vzorovou implementaci jednoho triviálního a jednoho složitějšího GPU výpočtu.
  • Vyhodnocení přínosů a použitelnosti vzniklé implementace.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
11. 12. 2018 16:16, RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
Plný text práce
1,2 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
5. 2. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Oponent

RNDr. Jan Čejka, Ph.D.
KVI FI MU

Literatura

  • KIRK, David a Wen-mei HWU. Programming massively parallel processors : a hands-on approach. 2nd ed. Boston: Morgan Kaufmann, 2013, xx, 496. ISBN 9780124159921.
  • OpenCL programming by example. Edited by Ravishekhar Banger - Koushik Bhattacharyya. 1 online r. ISBN 9781849692342.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.