Bakterie Salmonella enterica subsp. enterica, mj. původce lidské salmonelózy, zahrnuje více jak 2500 sérovarů, jež se liší svou virulencí a schopností invaze. Sérovary S. typhimurium a S. enteritidis mohou kolonizovat různé hostitele s různou mírou invazivity, od asymptomatické kolonizace trávicího traktu drůbeže až po systémové infekce u myší, naopak sérovary S. infantis a S. derby jsou i u různých živočichů přítomny pouze v trávicím traktu. Nejčastějším zdrojem lidské infekce jsou cukrářské výrobky, vejce nebo maso (převážně kuřecí) zpracované při nižších teplotách. Přestože tradičně dominantní sérovary kuřat, S. typhimurium a S. enteritidis, jsou postupně úspěšnou vakcinací vytlačovány z kuřecí populace, salmonelóza v lidské populaci nemizí. Prázdná ekologická nika je totiž vhodným místem pro osídlení jinými sérovary, např. S. infantis. V nedávné době byly proto v laboratoři školitele sekvenovány zástupci sérovarů S. typhimurium, S. enteritidis a S. infantis, a to jak divoké kmeny, tak jejich deleční mutanti. Úkolem diplomanta bude porovnání genomů a anotovaných proteomů jednotlivých sérovarů s cílem povšechně charakterizovat jednotlivé sérovary. Navíc bude charakterizován genotyp zkonstruovaných delečních mutantů, kandidátů na orální vakcinaci proti salmonelóze drůbeže. Diplomant se tak seznámí s celou řadou bioinformatických technik používaných v genomických studiích, počínaje zpracováním a vyhodnocením sekvenačních čtení, přes metodu mapování, sestavování kontigů, anotaci bakteriálních genů až po nástroje komparativní genomiky.