20 1 2013 textfield Datum 8 V Brně dne textfield cil_prace {Úkolem studenta je seznámit se z možností aplikace metod raytracingu na oblast vizualizace molekulárních struktur. V textové části student popíše studované metody a vybere ty, které jsou nejvhodnější pro zvolenou oblast vizualizace molekul - tyto metody budou rovněž v praktické části implementovány. Při implementaci se student zaměří na jednotlivé standardní techniky používané pro vizualizaci molekul proteinů a jejich tunelů, které jsou součástí aplikace CAVER Analyst vyvíjené v rámci laboratoře HCI. Součástí práce bude rovněž integrace výsledků diplomové práce do této aplikace.} textfield Zadání 3 jmeno_studenta Bc. František Dvořáček textfield Autor 2 nazev_prace Aplikace metod raytracingu na molekulární systémy textfield Název práce 1 oponent RNDr. Marek Vinkler textfield Oponent 5 vedouci RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D. textfield Vedoucí práce 4 oponent textfield Hodnotil fi_mu Fakulta informatiky hodnoceni <p>Práce má dobrou logickou strukturu i dostatečný rozsah. Značná část textu je ovšem věnována popisu známych technik a metod, a na popis autorovy vlastní práci připadá poměrně malý rozsah. Po rozsahové stránce jsou taktéž nedostatečné kapitoly Úvod a Závěr, které jsou navíc nevhodně členěné do odstavců. Pozitivně hodnotím značné množství vlastních schémat doplňujících text a celkovou formu práce, která je na velmi vysoké úrovni. Nedostatečná je ovšem použitá literatura. Z oblasti vizualizace proteinů obsahuje omezený výběr autorů a z oblasti sledování paprsku pak poměrně neaktuální literaturu. V seznamu literatury jsou navíc překlepy ve jménech autorů i děl.<br /> <br /> Po obsahové stránce je většina práce až na drobnosti v pořádku. Vyjímkou je sekce 8.4, která prezentuje kvantitativní výsledky práce. Úplně chybí měření na některých typech vizualizací nebo srovnání náročnosti různých vizualizací. I uvedené výsledky jsou velmi stručně diskutovány. Taktéž uvedený osvětlovací model se stíny je chybně použit, neboť k výsledné barvě přispívají i zastíněná světla. Zde však mohlo jít o nefotorealistické zobrazení k zlepšení přehlednosti.<br /> <br /> Po programové stránce je tato práce spíše průměrná až podprůměrná. Rozsah kódu je sice více než dostatečný, jelikož bylo potřeba implementovat průsečíky s několika grafickými primitivy, ovšem jeho kvalita je již horší. Implementace je založená na třídách a je pouze jednovláknová, což vede k velmi vysokým časům sledování paprsku, jak je doloženo tabulkou v práci. Tento přístup je v rozporu s vývojem v oblasti sledování paprsku v posledních 10 letech, který skrze paralelismus a optimalizaci klíčových částí kódu značně snižuje časovou náročnost výpočtu. Nedostatkem práce jsou také lišící se parametry kamer pro vykreslení pomocí rasterizace a pomocí&nbsp;studentovy implementace metody sledování paprsku při použití v software CAVER Analyst. Toto v kombinaci s vysokým časem potřebným pro vytvoření snímku znemožňuje použití dané implementace k vytvoření uživatelem požadovaného snímku.</p> <p>Na studenta mám následující otázku:</p> <ul> <li>V čem je implementovaná vizualizace pomocí metody sledování paprsku lepší než výchozí vizualizace v software CAVER Analyst řešená rasterizací?</li> </ul> <p>Podle mého názoru student zadání splnil, ale rozsah popisu jeho vlastní práce v textové části a kvalita a rychlost implementační částí tuto práci značně srážejí. Práci vyzdvyhuje zejména formální stránka, která je na velmi vysoké úrovni.</p> textarea 6 navrzena_znamka 1 S přihlédnutím k celkovému dosaženému výsledku navrhuji hodnotit práci známkou vyhovující (E). textfield \vspace{0cm} 7 N