Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Parallelization of Query Processing in MedSavant

Bc. Miroslav Cupák, učo 255940
Anotace

Táto práca sa zaoberá analýzou problematiky paralelizácie spracovania databázových dotazov na úrovni aplikácie s využitím techniky zvanej sharding (rozbitie, rozlomenie). Práca je inšpirovaná potrebou vyššieho výkonu a škálovateľnosti aplikácie MedSavant umožňujúcej vyhľadávanie nad genetickými variantmi. Výsledkom je modul pre tento systém založený na všeobecne použiteľnom rámci poskytujúcom tento …více

Abstract

This work analyzes application-level parallelization of database query processing by means of sharding. The approach is driven by the need for better performance and scalability of MedSavant, an open-source search engine for genomic variants. The result of this thesis is a module for MedSavant providing a complete data access layer, the core of which is a general framework for application-level sharding …více

Klíčová slova
MedSavant parallelization sharding genomic variant query Hibernate Infobright
Zadání práce
MedSavant is an open-source client-server application providing a search engine for genomic variants. Its backend uses Infobright Community Edition, a highly-specialized analytic database, the performance of which is limited by single-threaded query processing. The goal of the thesis is to design, implement and evaluate a method for parallelization of queries in MedSavant by means of sharding, a technique based on splitting the database into shards using some logical data element and querying the individual shards in parallel, thus utilizing multiple processors or even machines.

Literature:

  1. Dominik Slezak, Piotr Synak, Jakub Wroblewski, and Graham Toppin. Infobright analytic database engine using rough sets and granular computing. 2012 IEEE International Conference on Granular Computing, 0:432–437, 2010.
  2. Marc Fiume, Eric J. M. Smith, Andrew Brook, Dario Strbenac, Brian Turner, Aziz M. Mezlini, Mark D. Robinson, Shoshana J. Wodak, and Michael Brudno. Savant genome browser 2: visualization and analysis for population-scale genomics. Nucleic Acids Research, 40(W1):W615–W621, 2012.
  3. Marc Fiume, Vanessa Williams, Andrew Brook, and Michael Brudno. Savant: genome browser for high-throughput sequencing data. Bioinformatics, 26(16):1938–1944, 2010.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 1. 2014 11:52, prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
Plný text práce
1 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
10. 2. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
KTP FI MU

Oponent

doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D.
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.