Závěrečná práce: Aneta Žáčková, učo 496864: Analýza sekvenčních variant u pacientů s vzácným onemocněním
Bakalářská práce
Analýza sekvenčních variant u pacientů s vzácným onemocněním
Analysis of sequence variants in patients with rare diseases
Anotace
V této bakalářské práci se věnuji analýze variant v exomech pacientů s neuromuskulárním onemocněním, u kterých však v genech asociovaných s neuromuskulárním onemocněním nebyla nalezena monogenní příčina. U těchto pacientů se tedy uvažuje možná polygenní dědičnost, která zejména u vzácných onemocnění diagnostiku ztěžuje. Data pro tuto bakalářskou práci poskytlo Centrum molekulární biologie a genetiky …více
Abstract
In this thesis I study variants in exome of patients with neuromuscular disease, where single causal variant in genes associated with neuromuscular diseases was not found. Therefore, a possible polygenic inheritance is assumed, which makes diagnosis very difficult, especially in patients with rare diseases. Data for this thesis was provided by the Centre of Molecular Biology and Genetics in the University …více
Klíčová slova
Neuromuskulární onemocnění Celoexomové sekvenování Jednonukleotidový polymorfismus Polygenní dědičnost Sekvenční analýza Bioinformatika Signální dráhy Neuromuscular disease Whole exome sequencing Single nucleotide polymorphism Polygenic inheritance Sequence analysis Bioinformatics Signaling pathwaysZadání práce
Dědičná onemocnění mohou být způsobena řadou aberací v našich genech. Jednou z nejčastějších příčin je záměna nukleotidů v sekvenci DNA oproti referenci. Nalezení těchto záměn vede k objasnění příčin onemocnění a následné léčbě. U monogenních dědičných onemocnění je příčinou pouze jedna mutace, u polygenních onemocnění se jedná o několik variant přítomných současně u pacienta. V poslední době se ale ukazuje, že vliv na projev onemocnění může mít i určitá kombinace běžně přítomných variant v populaci (tzv. polymorfismů). Cílem bakalářské práce bude nalezení kombinace běžných variant u pacientů s neurosvalovým onemocněním oproti zdravým rodinným příslušníkům v sekvenačních datech z exomů. Ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genetiky ve FN Brno budou v první fázi analyzovány lidské exomy pomocí standardní bioinformatické pipeliny s cílem najít sekvenční varianty. V druhé fázi budou vybrány pouze kombinace variant přítomné u pacientů s neurosvalovým onemocněním. Ve třetí fázi budou vybrané varianty v nalezených genech analyzovány s cílem najít případnou souvislost se signálními dráhami, které mohou ovlivňovat svalové procesy v organismu.
Literatura: E. Mellerup et al., Combinations of SNP genotypes from the Wellcome Trust Case Control Study of bipolar patients, Acta Neuropsychiatr. 2018 Apr;30(2):106-110. doi: 10.1017/neu.2017.36.D. Lvovs et al., A Polygenic Approach to the Study of Polygenic Diseases, Acta Naturae, 2012 Jul;4(3):59-71.
17. 5. 2022 09:13, Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
Oponent
Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie (CKTCH) Brno, Genetická laboratoř
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Analýza původu de novo variant v počtu kopií (CNVs) u dětských pacientů s neurovývojovými poruchami pomocí genotypizace
Mgr. Barbora Maierová -
Nezmar jako potencionální modelový organismus při studiu kmenových a nádorových kmenových buněk
Bc. Veronika Řiháková Topolářová -
Hodnocení autonomní regulace kardiovaskulárního systému u pacientů s roztroušenou sklerózou mozkomíšní vyšetřovaných metodou baroreflexní senzitivity
Mgr. Andrea Štefková -
Bioinformatická analýza glykosyltransferas z Mycobacterium tuberculosis
Mgr. Bc. Lucie Čtveráčková, Ph.D. -
Vývoj bioinformatických nástrojů a databází pro proteinové inženýrství
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. -
PredictSNP onco: server pro automatickou analýzu mutací přispívajících k rozvoji rakoviny
Mgr. Adam Dobiáš -
Funkce fibroblastového růstového faktoru 19 v lidských embryonálních kmenových buňkách
Mgr. Emese Váczy -
Studium signálních drah u buněčné linie derivované z multiformního glioblastomu se ztrátou kopie genu EGFR
doc. RNDr. Jan Škoda, Ph.D., učo 150705




