Bakalářská práce

Analýza sekvenčních variant u pacientů s vzácným onemocněním

Analysis of sequence variants in patients with rare diseases

Aneta Žáčková, učo 496864
Anotace

V této bakalářské práci se věnuji analýze variant v exomech pacientů s neuromuskulárním onemocněním, u kterých však v genech asociovaných s neuromuskulárním onemocněním nebyla nalezena monogenní příčina. U těchto pacientů se tedy uvažuje možná polygenní dědičnost, která zejména u vzácných onemocnění diagnostiku ztěžuje. Data pro tuto bakalářskou práci poskytlo Centrum molekulární biologie a genetiky …více

Abstract

In this thesis I study variants in exome of patients with neuromuscular disease, where single causal variant in genes associated with neuromuscular diseases was not found. Therefore, a possible polygenic inheritance is assumed, which makes diagnosis very difficult, especially in patients with rare diseases. Data for this thesis was provided by the Centre of Molecular Biology and Genetics in the University …více

Zadání práce

Dědičná onemocnění mohou být způsobena řadou aberací v našich genech. Jednou z nejčastějších příčin je záměna nukleotidů v sekvenci DNA oproti referenci. Nalezení těchto záměn vede k objasnění příčin onemocnění a následné léčbě. U monogenních dědičných onemocnění je příčinou pouze jedna mutace, u polygenních onemocnění se jedná o několik variant přítomných současně u pacienta. V poslední době se ale ukazuje, že vliv na projev onemocnění může mít i určitá kombinace běžně přítomných variant v populaci (tzv. polymorfismů). Cílem bakalářské práce bude nalezení kombinace běžných variant u pacientů s neurosvalovým onemocněním oproti zdravým rodinným příslušníkům v sekvenačních datech z exomů. Ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genetiky ve FN Brno budou v první fázi analyzovány lidské exomy pomocí standardní bioinformatické pipeliny s cílem najít sekvenční varianty. V druhé fázi budou vybrány pouze kombinace variant přítomné u pacientů s neurosvalovým onemocněním. Ve třetí fázi budou vybrané varianty v nalezených genech analyzovány s cílem najít případnou souvislost se signálními dráhami, které mohou ovlivňovat svalové procesy v organismu.

Literatura: E. Mellerup et al., Combinations of SNP genotypes from the Wellcome Trust Case Control Study of bipolar patients, Acta Neuropsychiatr. 2018 Apr;30(2):106-110. doi: 10.1017/neu.2017.36.
D. Lvovs et al., A Polygenic Approach to the Study of Polygenic Diseases, Acta Naturae, 2012 Jul;4(3):59-71.
Práce zkontrolována:
17. 5. 2022 09:13, Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
Plný text práce
1,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
29. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
ÚFKL Fyz PřF MU

Oponent

Mgr. Hana Grombiříková
Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie (CKTCH) Brno, Genetická laboratoř

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.