Bakalářská práce

Studium exprese mikroRNA v tělních tekutinách pomocí metody digitální PCR

Study of microRNAs expression in body fluids using digital PCR

Klaudia Mráziková
Anotace

MikroRNA sú krátke nekódujúce molekuly podieľajúce sa na post-transkripčnej regulácii génovej expresie. Pretože zohrávajú dôležitú úlohu v základných procesoch bunky, ich deregulácia môže viesť k patologickému stavu. Najmä u nádorových ochorení boli pozorované ich zmenené expresné profily ako v tkanivách, tak aj v telových tekutinách. Práve mikroRNA v telových tekutinách by mohli predstavovať neinvazívny …více

Abstract

MicroRNAs are small non-coding molecules participating in post-transcriptional regulation of gene expression. Since they perform important tasks in the fundamental cellular processes, their deregulation may result in a pathological state. It is predominantly in neoplastic diseases that the changes in microRNA expression profiles in both tissues and body fluids are observed. The microRNA in body fluids …více

Zadání práce
MikroRNA (miRNA) tvoří početnou skupinu endogenních krátkých nekódujících RNA, přibližně 18-25 nukleotidů dlouhých, které tlumí translaci vazbou na cílové mRNA. Na základě bioinformatických predikcí se předpokládá, že miRNA mají potenciál regulovat až polovinu kódujících genů v lidském genomu, každá miRNA přitom může regulovat řádově stovky cílových mRNA. Sekvence miRNA jsou vysoce sekvenčně konzervované i napříč ne zcela příbuznými organismy, což naznačuje jejich podíl na esenciálních biologických procesech, jako jsou vývoj, diferenciace, proliferace, apoptóza. Podílejí se také na regulací kmenových vlastností buněk, imunitního systému nebo nádorová transformaci. Významným metodickým aspektem souvisejícím s klinickým využitím miRNA je jejich vysoká míra stability, umožňující stanovení nejen v nativní tkáni, ale i v biologickém materiálu pro jiný druh analýz nedostatečně kvalitním, například ve formalinem fixované tkáni uložené v parafinu (FFPE). Poměrně novou a slibnou kategorii biomarkerů představují také cirkulující miRNA v krevním séru, plazmě nebo v moči. Stěžejní metodou pro studium hladin exprese miRNA je kvantitativní real-time PCR, která vykazuje dostatečnou citlivost a to i v případě měření v tělních tekutinách, kde je přítomno menší množství templátových molekul. V případě relativní kvantifikace cirkulujících miRNA pomocí qRT-PCR je však často problematická normalizace získaných expresních dat z důvodu nepoužitelnosti běžných endogenních kontrol. Problém s odstraněním nebiologické variability dat by mohl být eliminován použitím metody digitální PCR (dPCR). Digitální PCR přestavuje zpřesnění konvenční PCR metody. Reakce je rozdělena do velkého počtu individuálních reakčních oddílů, které umožňují spolehlivější a citlivější měření množství nukleových kyselin. Vhodným naředěním templátu je dosaženo toho, že jednotlivé molekuly nukleové kyseliny ve vzorku jsou lokalizovány právě v jednom oddílu. Následně probíhá v každém oddílu end-point PCR, takže v závislosti na počtu oddílů získáme tisíce až několik desítek tisíc parciálních kvalitativních výsledků na bázi fluorescence (pozitivní/negativní) pro analyzovaný vzorek. Vzhledem k možné přítomnosti dvou a více cílových molekul současně (v jednom segmentu) je v rámci celkového vyhodnocování tato skutečnost brána v potaz a výsledky jsou korigovány na základě Poissonova rozdělení. Cílem bakalářské práce by bylo optimalizovat stanovení exprese miRNA v tělních tekutinách pomocí metody dPCR a získané výsledky následně srovnat s běžně používanou metodou qRT-PCR.
Práce zkontrolována:
23. 5. 2016 01:42, prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D., učo 42891
Plný text práce
2,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
13. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D., učo 42891
BiolÚ Teorie LF MU

Oponent

RNDr. Veronika Kubaczková

Konzultant

Mgr. Jaroslav Juráček, Ph.D., učo 258883
MOnkII CMM CEITEC MU

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.