Závěrečná práce: Erik Nomilner: Studium dynamiky přirozeně neuspořádaných proteinů pomocí NMR relaxace
Bakalářská práce
Studium dynamiky přirozeně neuspořádaných proteinů pomocí NMR relaxace
Study of dynamics of intrinsically disordered proteins using NMR relaxation
Erik Nomilner
Anotace
Přirozeně neuspořádané proteiny jsou makromolekuly bez jedinečné prostorové struktury. Navzdory této neuspořádanosti jsou tyto proteiny nezbytné pro správnou funkci buněk. NMR relaxace je jednou z mála vhodných metod užívaných k popisu konformačních a dynamických vlastností neuspořádaných proteinů.
Abstract
Intrinsically disordered proteins (IDPs) are macromolecules that lacks of unique 3D structure. In spite of their lack of a defined structure, IDPs are essential for correct function of cells. NMR relaxation is a powerful method used to describe conformational and dynamic properties of IDPs.
Zadání práce
Relaxace v NMR spektroskopii představuje nejen fyzikální proces určující tvar spektrálních čar, ale také ideální prostředek pro studium molekulových pohybů. Tato metodika je standardně zavedena pro uspořádané proteiny, vnitřně neuspořádané problémy ale vyžadují použití jiných přístupů. Jedním rozdílem je nutnost jiné interpretace dat (není možné oddělit vnitřní pohyby od pohybu celé molekuly jako tuhého tělesa), dalším nutnost použití metod poskytujících vyšší rozlišení, než je používáno pro uspořádané proteiny. Oba druhy metod byly v nedávné době vyvinuty v laboratoři vedoucího. Cílem práce bude osvojit si teorii relaxace v NMR spektroskopii a aplikovat nabyté poznatky k analýze proteinů studovaných v laboratoři vedoucího, zejména podjednotky delta RNA polymerasy bakterie Bacillus subtilis s mutací měnící elektrostatické vlastnosti proteinu a proteinu MAP2c (microtubule associated protein 2c).
Práce zkontrolována:
16. 5. 2017 04:25, prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990
16. 5. 2017 04:25, prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990
Jazyk práce
Termín obhajoby
14. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena
Literatura
- KOWALEWSKI, Jozef a Lena MÄLER. Nuclear spin relaxation in liquids : thoery, experiments, and applications. New York: Taylor & Francis, 2006, 426 stran. ISBN 0750309644.
Studijní program
Biochemie
Obor
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Stanovení vnitřní dynamiky proteinu MAP2c pomocí kros-korelované NMR relaxace.
Mgr. Erik Nomilner -
Analýza molekulových pohybů pomocí mapování funkcí spektrální hustoty
Mgr. Vojtěch Zapletal, Ph.D., učo 357261 -
Příprava mutantu pro určení intramolekulárních kontaktů proteinu MAP2c pomocí paramagnetického zesílení relaxace
Bc. Ján Jurica -
Computational and NMR characterization of intrinsically disordered protein regions
Mgr. Vojtěch Zapletal, Ph.D., učo 357261 -
Study of Biomolecular Dynamics by NMR Spectroscopy
Mgr. Pavel Kadeřávek, Ph.D., učo 106653 -
Relaxační NMR studie haloalkandehalogenasy DhaA
Mgr. Vojtěch Zapletal, Ph.D., učo 357261 -
Structure and dynamics of subunits determining specificity of bacterial RNA polymerase
Mgr. Milan Zachrdla, Ph.D. -
Studium konformační výměny 1.1 segmentu sigma-A podjednotky RNA polymerázy z bakterie Bacillus subtilis
Mgr. Dávid Tužinčin, učo 460988
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Složky
Soubory
Nomilner, E.
15. 5. 2017
1. 6. 2017




