Bakalářská práce

Studium dynamiky přirozeně neuspořádaných proteinů pomocí NMR relaxace

Study of dynamics of intrinsically disordered proteins using NMR relaxation

Erik Nomilner
Anotace

Přirozeně neuspořádané proteiny jsou makromolekuly bez jedinečné prostorové struktury. Navzdory této neuspořádanosti jsou tyto proteiny nezbytné pro správnou funkci buněk. NMR relaxace je jednou z mála vhodných metod užívaných k popisu konformačních a dynamických vlastností neuspořádaných proteinů.

Abstract

Intrinsically disordered proteins (IDPs) are macromolecules that lacks of unique 3D structure. In spite of their lack of a defined structure, IDPs are essential for correct function of cells. NMR relaxation is a powerful method used to describe conformational and dynamic properties of IDPs.

Zadání práce
Relaxace v NMR spektroskopii představuje nejen fyzikální proces určující tvar spektrálních čar, ale také ideální prostředek pro studium molekulových pohybů. Tato metodika je standardně zavedena pro uspořádané proteiny, vnitřně neuspořádané problémy ale vyžadují použití jiných přístupů. Jedním rozdílem je nutnost jiné interpretace dat (není možné oddělit vnitřní pohyby od pohybu celé molekuly jako tuhého tělesa), dalším nutnost použití metod poskytujících vyšší rozlišení, než je používáno pro uspořádané proteiny. Oba druhy metod byly v nedávné době vyvinuty v laboratoři vedoucího. Cílem práce bude osvojit si teorii relaxace v NMR spektroskopii a aplikovat nabyté poznatky k analýze proteinů studovaných v laboratoři vedoucího, zejména podjednotky delta RNA polymerasy bakterie Bacillus subtilis s mutací měnící elektrostatické vlastnosti proteinu a proteinu MAP2c (microtubule associated protein 2c).
Práce zkontrolována:
16. 5. 2017 04:25, prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990
Plný text práce
1,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
14. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D., učo 38990
NCBR PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Literatura

  • KOWALEWSKI, Jozef a Lena MÄLER. Nuclear spin relaxation in liquids : thoery, experiments, and applications. New York: Taylor & Francis, 2006, 426 stran. ISBN 0750309644.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.