Elektronová mikroskopie (EM) je jednou z nejrychleji se rozvíjejících experimentálních metod a stává se dominantní metodou pro určování struktur biomolekulárních struktur. Díky automatizaci ať už v získávání (měření) nebo zpracování experimentálních dat je EM dostupná čím dál většímu okruhu vědců a vědkyň.

Přes výše zmiňovaný pokrok a dostupnost EM, řada limitací přetrvává. Jednou z těchto limitací je velikost studovaného systému. Malé biomolekuly (cca 50 kDa) vyžadují vyšší míru kontroly jak při identifikaci částic v mikrografech, tak jejich průměrování do 2D tříd a velmi precizní postup při rekonstrukci výsledné 3D struktury biomolekuly.

Cíle diplomové práce jsou:
1) Osvojit si způsoby přípravy vzorků pro negativní barvení
2) Zvládnout zamražování vzorků pro kryoEM měření
3) Seznámit se se základy měření na elektronových mikroskopech
4) Zpracování EM dat v programech cryoSPARC a/nebo RELION

Reference:
i) Iudin A, Korir PK, Somasundharam S, Weyand S, Cattavitello C, Fonseca N, Salih O, Kleywegt GJ, Patwardhan A (2023). “EMPIAR: the Electron Microscopy Public Image Archive.” Nucleic Acids Res., 51, D1503-D1511. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1062.
ii) Sjors H W Scheres. RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination. Journal of Structural Biology, 180(3):519–530, December 2012.
iii) Sjors H W Scheres. A Bayesian view on cryo-EM structure determination. Journal of Molecular Biology, 415(2):406–418, January 2012.
iv) Rafael Fernandez-Leiro and Sjors H. W. Scheres. A pipeline approach to single-particle processing in RELION. Acta Crystallographica. Section D, Structural Biology, 73(Pt 6):496–502, June 2017.
v) Punjani, A., Rubinstein, J.L., Fleet, D.J. & Brubaker, M.A. cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination. Nature Methods 14, 290-296 (2017).
Závěrečná práce může být zpracována v anglickém jazyce.