Regulace biologických procesů je komplexní děj a mnohé změny v dynamice genové exprese se neprojeví v odlišné hladině exprese. Normální regulace všech biologických systémů je v dynamické rovnováze, zatímco patologický proces můžeme charakterizovat jako porušení této rovnováhy. Regulační geny mohou být na základě svého konečného vlivu rozděleny na aktivátory a blokátory. Očekáváme, že se korelace mezi těmito dvěma sadami genů (aktivátory a blokátory) budou lišit v různých patologických procesech.

Cílem diplomové práce je pomocí vhodného statistického softwaru nalézt nejlepší prediktory a jejich interakce využitelné pro určení stádia maligní transformace plazmatických buněk. Tyto prediktory by dále mohly sloužit k prognóze stavu pacienta. Vstupními daty jsou jednak údaje z mikročipů (exprese vybraných genů), jednak CGH čipů, které detekují aberace v genomu. V průběhu práce budou oba soubory využity pro predikci stavu pacientů a přežití.

V průběhu práce jsou předpokládány následující kroky:

• Seznámení se s problematikou mnohočetného myelomu a jeho genetickými rizikovými faktory
• Rešerše analýz vzájemných vztahů sad proměnných (využitelné pro různé sady genů nebo různé způsoby jejich hodnocení)
• Identifikace a aplikace vhodné metodiky pro detekci změn vztahů mezi aktivátory a blokátory v odlišných stádiích maligních transformací plazmatických buněk
• Analýza asociační struktury výsledků mikročipů a CGH čipů a identifikace interakcí s vazbou na výsledky léčby a stav pacientů; vyhodnocení vlivu zavádějících faktorů
• Detekce významných prediktorů stavu a přežití pacientů s využitím dat z mikročipů a CGH čipů

Doporučená literatura:

HÁJEK, R., ADAM, Z., MAISNAR, V., BALLOVÁ, V., KESSLER, P., BAČOVSKÝ, J., BUCHTOVÁ, I., GREGORA, E., GUMULEC, J., KREJČÍ, M., MISTRÍK, M., POUR, L., SCHÜTZOVÁ, M., STRAUB, J., ŠČUDLA, V., ŠPIČKA, I., TÓTHOVÁ, E., WALTEROVÁ, L., 2009: Diagnostika a léčba mnohočetného myelomu. Doporučení vypracované Českou myelomovou skupinou, Myelomovou sekcí České hematologické společnosti a Slovenskou myelómovou spoločností pro diagnostiku a léčbu mnohočetného myelomu. Transfuze a Hematologie dnes. 15, 1-80.

Internetové zdroje

http://telemedicina.med.muni.cz/genomic-proteomic-analysis/index.php, BUDÍNSKÁ, E. (ed.).