Posudek oponenta na bakalářskou práci
Bakalářský studijní program : Biochemie
Studijní obor: Biochemie
Student: Lukáš Uhrík
Název práce: Alternativní sestřih v signálních drahách cytokininů
Oponent a jeho pracoviště: RNDr. Lubomír Janda Ph.D, Laboratoř struktury a
dynamiky proteinů, CEITEC-MU
Má práce experimentální charakter : Ano Ne
Odborná úroveň práce :
Textová úroveň práce :
Grafická úroveň práce :
Rozsah :
Literatura :
Připomínky do diskuse, dotazy :
Práce studenta Lukáše Uhríka s názvem „Alternativní sestřih v signálních drahách
cytokininů" je spíše prací průměrnou až podprůměrnou. Teoretická část obsahuje 13 stran
textu se sedmi obrázky. V úvodu (str. 10) není jasné, čeho se tato práce týká. Z názvu je
patrno, že se jedná o alternativní sestřih genů, ale jakým způsobem se budou produkty různě
sestřižených genů v praktické části testovat, není jasné. V práci není tématika různě
sestřižených proteinů cytokininové signální dráhy dostatečně zpracována. Například jsem
nenašel v textu, u Arabidopsis histidinových fosfotransferáz tzv. AHP proteinů, jakou
strukturu mají (z jakých sekundárních struktur je protein složen).
Otázka 1: Jakou mají AHP proteiny strukturu (z jakých sekundárních elementů je
složen tento protein)? Korespondují sekvence šesti exonů s těmito sekundárními
strukturami?
Praktická část obsahuje výsledky, které se týkají detekce AHP proteinů pomocí
imunochemické metody „western blotting". Výsledkem jsou tři bloty, kde v prvních dvou
vyšla jen pozitivní kontrola a ve třetím obrázku nevyšla dokonce ani kontrola. Přitom se
nejedná o nějakou úplně novou tématiku (viz diplomová práce Eliška Petulová, 2013).
Otázka 2: Protože se jedná o proteiny signální dráhy, které nejsou abundantní, může se
stát, že se vyskytují v buněčných lysátech z přirozeného materiálu v nízkých
koncentracích. Dovedl byste navrhnout jiné metody, které by vedly ke koncentraci
daného AHP proteinu z přirozeného materiálu a k jeho následné detekci?
Co se týká literární rešerše, tak ta obsahuje skoro sedm desítek odkazů, ale spíše staršího data.
Jen tři publikace patří do kategorie nových (2014 nebo 2015). Pokud bych měl vyzvednout
jednu z předností práce, tak je to grafická úroveň práce bez formálních nedostatků. I tak zde
můžeme najít překlepy: str. 30, „Petulová 2013" místo „Petulova 3013"; str. 31, obrázek 8
„pri ktorom" místo „ktorýchm". V práci je také velké množství anglikanismů „wild type" divoký
nebo běžný typ; overexpresor -nadprodukující linie; spliceozóm - sestřihový aparát;
branch point - ??? I přes uvedené nedostatky, kterých by se student měl vyvarovat při psaní
diplomové práce, doporučuji práci k obhajobě s celkovou známkou D.
Práci doporučuji k obhajobě: Ano Ne
Návrh hodnocení: A B C E F
V Brně dne: 1.6.2015
podpis