Diplomová práce

Charakterizace proteinů Paracoccus denitrificans s předpokládanou funkcí monooxygenasy

Characterization of the Paracoccus denitrificans proteins with putative function as a monooxygenase

Bc. Martin Olbert
Anotace

Monooxygenasy tvoří neoddělitelnou součást metabolických procesů v bakteriích. Tyto enzymy inkorporují atomy kyslíku do různých substrátů, které takto přeměňují na další produkty. Ty jsou dále využívány bakterií v širokém spektru následných reakcí. Paracoccus denitrificans může využívat jako jeden ze zdrojů síry methansulfonát, který je štěpen monooxygenasami na siřičitan a formaldehyd. Cílem této …více

Abstract

Monooxygenases make inseparable part of metabolic processes in bacteria. These enzymes incorporate oxygen atoms into various substrates, which transforming this way into other products. Paracoccus denitrificans uses methanesulfonate as one of sulfur sources, which is split by monooxygenases to sulfite and formaldehyde. The aim of this diploma thesis was purification and characterization of 4 protein …více

Klíčová slova
monooxygenasy Pden_4106 Pden_5007 Pden_5013 Pden_5125 methansulfonát Monooxygenázy metánsulfonát Monooxygenases methansulfonate
Zadání práce
Flavin-dependentní monooxygenasy se účastní řady významných biologických procesů, např. katabolismu přírodních a antropogenních sloučenin, biosyntézy hormonů, vitamínů a antibiotik a obranných reakcí buňky. Tyto enzymy vyžadují přísun redukovaného flavinu produkovaného flavinreduktasami. V předchozí proteomické studii, zabývající se vlivem oxidačního stresu vyvolaného methylviologenem na růst bakterie Paracoccus denitrificans, byla zjištěna výrazně zvýšená hladina některých proteinů, vykazujících homologii s flavinreduktasami (Pden_5119) resp. monooxygenasami (Pden_4106, 5007, 5013 a 5125). Tyto geny by měl student klonovat do vhodného expresního plasmidu (pET100, pET21) a následně produkovat příslušný rekombinantní protein s hexahistidinovou kotvou v expresním kmenu bakterie E. coli. Purifikované proteiny bude následně charakterizovat na základě jejich molekulové hmotnosti, oligomerní struktury a enzymové aktivity. Vhodnými technikami (např. měřením anizotropie fluorescence) se rovněž pokusí prokázat možnou interakci s již dříve připravenými flavinreduktasami (produkty genů Pden_3133 a 5119).
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 5. 2018 05:34, prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc., učo 911
Plný text práce
3,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
5. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc., učo 911
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

doc. RNDr. Petr Zbořil, CSc.
ÚBioch Chem PřF MU

Konzultant

Mgr. Vojtěch Sedláček, Ph.D., učo 21931
ÚBioch Chem PřF MU

Literatura

  • PERNIKÁŘOVÁ, Vendula; Vojtěch SEDLÁČEK; David POTĚŠIL; Iva PROCHÁZKOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Pavel BOUCHAL a Igor KUČERA. Proteomic responses to a methyl viologen-induced oxidative stress in the wild type and FerB mutant strains of Paracoccus denitrificans. Journal of Proteomics. Amsterdam: ELSEVIER SCIENCE BV, 2015, roč. 125, July, s. 68-75. ISSN 1874-3919. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2015.05.002.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.