Bakalářská práce

Optimization of bioinformatic pipeline for analysis of ITS regions using Illumina technique to determine composition and diversity of molds and yeasts in stool

Hana Vanovčanová
Anotace

Je známo, že střevní mikrobiom hraje zásadní roli ve zdraví svého hostitele. Zatímco analýza bakteriálních sekvenačních dat se stala rutinně prováděnou praxí, analýza sekvencí hub a jejich ITS regionů dosud nebyla optimalizována. V této práci jsou porovnány tři pipeliny, z nichž jedna byla vyvinuta pro analýzu 16s rRNA a dvě, které byly vytvořeny speciálně pro analýzu oblastí ITS. Tato bakalářská práce …více

Abstract

The gut microbiome is known to play a vital role in its host’s health. While the analysis of bacterial sequenced data has become a routinely done practice, the analysis of fungal sequences and their ITS regions has not yet been optimised. In this thesis, three pipelines are compared, one of which has been developed for the analysis of 16s rRNA and two which were created specifically for the analysis …více

Klíčová slova
mikrobiom mykobiom sekvenování bioinformatické pipeliny microbiome mycobiome sequencing NGS bioinformatics pipelines
Zadání práce
Targeted sequencing of internal transcribed spacer (ITS) regions of nuclear ribosomal DNA is used in the analysis of microbiome mainly for the distinction of genera and species of moulds and yeasts. In order to perform the analysis, bioinformatics procedures need to be applied. These procedures are relatively new and are constantly evolving.
The aim of this bachelor thesis is to optimize the procedure of analysis of sequences of ITS regions by selecting the most appropriate methods and databases.

More specifically:
  • Review current bioinformatics methods/pipelines for analysis of data from the ITS region by Illumina sequencing to determine the composition and diversity of moulds and yeasts in stool and select several methods for further testing.
  • Test the selected methods on real data with known composition and evaluate their performance.
  • In cooperation with Microbiome Analysis Laboratory of RECETOX select the optimal pipeline.
  • In cooperation with Sequence Data Processing and Analysis Group of RECETOX introduce the pipeline into their infrastructure
Recommended literature:

Callahan, B., McMurdie, P., Rosen, M. et al. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods, doi: 10.1038/nmeth.3869

Leaw, Shiang Ning et al. “Identification of medically important yeast species by sequence analysis of the internal transcribed spacer regions.” Journal of clinical microbiology vol. 44,3 (2006): 693-9. doi:10.1128/JCM.44.3.693-699.2006
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 5. 2022 11:07, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
1,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
29. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Stanislav Mazurenko, PhD, učo 235907
ArtInt ProtIng RECETOX PřF MU

Konzultanti

Ing. Petr Andrla
SekvDat Infra RECETOX PřF MU
Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.