Aktivní místa jsou v rámci proteinů často lokalizována uvnitř struktury daného proteinu. Substrát či solvent k nim pak putuje protřednictvím tunelů, které se vyskytují ve struktuře proteinu. Tyto tunely určují selektivitu daných aktivních míst, protože jimi mohou procházet jen některé molekuly. Významnými typy tunelů jsou také póry, kterými jsou látky dopravovány skrz daný protein. Vzhledem k biologické důležitosti tunelů jsou tyto objekty v jednotlivých typech proteinů častým předmětem výzkumu a byly publikovány tisíce článků ohledně tunelů a jejich charakteristik. Rovněž byly vytvořeny softwarové nástroje pro detekci tunelů v proteinech – např. softwar Caver, MOLE, MolAxis apod. Cílem diplomové práce je analýza informací o tunelech, které jsou dostupné v současných publikacích. Jako vstup pro analýzu budou využity publikace, citující využití softwarových nástrojů pro detekci tunelů. V rámci diplomové práce student realizuje následující úkoly:

• Vytvoří seznam publikací, citujích softwarové nástroje MOLE, Caver a MolAxis.
• Vybere publikace, v nichž jsou popsány konkrétní tunely v konkrétních proteinech (uložených v Protein Data Bank).
• Nalezne polohy daných tunelů pomocí softwarového nástroje MOLE. Pokud proteiny nejsou uloženy v databázi ChannelsDB, připraví vstupní soubor, popisující dané tunely, a nahraje ho do ChannelsDB.
• Analyzuje, ve kterých proteinových rodinách jsou tunely zkoumány a které typy tunelů jsou zkoumány.
• Vytvoří program, který je schopen informace o tunelech převést do formátu, požadovaného databází PDBe Knowledge Bank.