Mikrořasy jsou jednobuněčné organismy produkující velkou řadu cenných molekul, mezi které patří pigmenty, mastné kyseliny, antioxidanty nebo enzymy. Tyto molekuly nacházejí využití například ve farmaceutickém průmyslu či při produkci biopaliv. Mikrořasy jsou udržitelným zdrojem těchto molekul a často jsou zmiňovány v souvislosti s bio-ekonomikou. Avšak ekonomická konkurenceschopnost řasových biotechnologií nadále zůstává otázkou. Pouze část ze známých druhů byla doposud charakterizována a kultivována. Jedním z nich je Nannochloropsis sp., která je taktéž jedním z modelových organismů pro studium mikrořas. Díky své robustnosti a známé sekvenci jejího genomu je vhodným kandidátem pro studie snažící se o vylepšení jejích vlastností. Jedním z cílů těchto studií je učinit kultivaci mikrořas ekonomicky konkurenceschopnou. Pro tuto diplomovou práci byly vybrány dva přístupy k vylepšení vlastností mikrořas z hlediska produkce mastných kyselin. Prvním je využití knihovny inzerčních mutantů a vyhledávání zajímavého fenotypu a druhým pak cílené metabolické inženýrství. Oba přístupy se osvědčily jako účinné a schopné dát za vznik liniím s vylepšenými vlastnostmi. Tyto nové linie vykazují významnou změnu v obsahu mastných kyselin ve srovnání s originální linií. K nasazení těchto linií do průmyslových aplikací je ještě daleko a je potřeba dalšího výzkumu. Pro účely této práce byl vyvinut protokol pro detekci obsahu mastných kyselin s využitím fluorescenčních barviv a FACS. Zmiňovaný protokol lze aplikovat i na jiné druhy mikrořas při obdobných studiích.