Bakalářská práce

Vizualizace elektrostatického potenciálu v proteinech

Visualization of electrostatics in proteins

Jiří Andrlík
Anotace

Vizualizace je jeden z nejúčinnějších způsobů komunikace. Ukázalo se, že rozsáhlé využití vizualizace na poli výzkumu má velké benefity a přispělo k mnoha objevům v moderním světě. V chemii podobně jako v jiných vědních oborech, může využití vizualizace vést k výraznému zkrácení času výzkumu. Množství jevů v kontextu moderní chemie, které nejsou pozorovatelné v reálném světě, lze vizualizovat. Důležitým …více

Abstract

Visualization is one of the strongest means of communication. Extensive use of visualization in research has shown great benefits and contributed to many discoveries in the modern world. Similarly to other research fields, in chemistry, the usage of visualization can lead to much faster research processes. A variety of phenomena that are impossible to observe in the real world may be visualized in …více

Klíčová slova
CAVER Analyst Java NetBeans bioinformatics protein molecular visualization electrostatic potential APBS
Zadání práce
Cílem bakalářské práce je vhodným způsobem navrhnout a implementovat výpočet elektrostatického potenciálů do aplikace CAVER Analyst, která je dlouhodobě vyvíjena na Fakultě informatiky. Elektrostatická síla významně ovlivňuje vzájemnou interakci biomolekul, proto se v proteinovém inženýrství výpočet a vizualizace elektrostatické síly využívá jako jeden ze základních nástrojů při zkoumání interakce molekul. Elektrostatická síla se zkoumá např. mezi proteinem a ligandem (malou interagující molekulou) nebo dvěma a více proteiny (v proteinovém komplexu).
V rámci této práce student zvolí a integruje vhodný nástroj pro výpočet elektrostatického potenciálu do aplikace CAVER Analyst a vizualizuje výsledky výpočtu. V rámci práce student:
  1. Bude diskutovat povahu a význam elektrostatických sil v proteinech.
  2. Vybere vhodný výpočetní nástroj s ohledem na kvalitu výsledků, oblíbenost mezi uživateli a náročnost distribuce v rámci multiplatformní aplikace CAVER Analyst.
  3. Integruje výpočet elektrostatického potenciálu do aplikace CAVER Analyst a vhodným způsobem jej vizualizuje mapováním na molekulární povrch.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
27. 5. 2020 09:00, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
4,9 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
25. 6. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Pavol Ulbrich, Ph.D., učo 410146
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.