Diplomová práce

Změny ruminálního mikrobiomu při in-vitro kultivaci

Changes in ruminal microbiom during in-vitro cultivation

Bc. Eva Čechová
Anotace

Bakterie mají vliv na degradaci krmiva, užitkovost, celkový zdravotní stav i imunitní odpověď skotu. V této diplomové práci byly zkoumány a charakterizovány změny diverzity mikrobiomu bachoru při in-vitro kultivaci s použitím různých krmiv a podmínek kultivace. In-vitro techniky jsou používány z důvodu zajištění reprodukovatelných podmínek (pH, teplota, promíchávání) a nižší variability oproti in-vivo …více

Abstract

Bacteria have an impact on feed degradation, yield, general health and bovine immune response. In this diploma thesis, changes in ruminant microbial diversity were investigated and characterized during in in-vitro cultivation using different diet and culture conditions. In-vitro procedures are used to provide reproducible conditions and lower variability compared to in-vivo experiments. The dynamics …více

Klíčová slova
bachor diverzita mikrobiomu bakterie bioreaktor NGS 16S rDNA rumen microbial diversity bacteria bioreactor
Zadání práce
Student(ka) se v rámci diplomové práce bude zabývat vlivem in-vitro kultivace bachorové tekutiny na zastoupení bakteriálních druhů. Cílem této práce bude nalezení podmínek in-vitro kultivace mající co nejmenší vliv na přirozené zatoupení jednotlivých bakteriálních druhů v bachorové tekutině. Pro analýzu složení mikrobiomu bude využita v současné době nejpoužívanější metoda založena na sekvenaci 16S V3-V4 oblasti pomocí NGS na přístroji MiSeq. Ukolem studenta(ky) bude izolace DNA ze vzorků, následná příprava sekvenační knihovny pro přístroj MiSeq a vlastní sekvenace. Následně budou získaná data analyzována v programu MOTHUR a budou zjišťovány případné změny v alfa- a beta-diverzitě reprezentující zastoupení jednotlivých rodů. Kvantifikace jednotlivých tří bude poté ještě validována pomocí qPCR metody s ohledem na počet kopií 16S RNA.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
4. 1. 2018 08:16, doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D., učo 13418
Plný text práce
2,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
16. 2. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D., učo 13418
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Mgr. Kateřina Dadáková, Ph.D., učo 147047
ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.