PV270 Biocomputing

Fakulta informatiky
jaro 2026
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 17. 2. až Út 12. 5. Út 8:00–9:50 C408
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Anotace
Kurz poskytuje přehled poznání v oblasti naturálních výpočtů s důrazem na biomolekulární výpočty (zejména výpočty s využitím DNA), buněčné výpočty a molekulární programování.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
- porozumět základním pojmům z oblasti molekulárních výpočtů;
- charakterizovat základní výpočetní operace realizovatelné nad biologickou hmotou;
- asociovat vhodné formalismy s konkrétní výpočetní platformou.
Klíčová témata
  • Úvod do molekulárních výpočtů
  • Základní pojmy molekulární biologie a biotechnoloigie
  • Umělé systémy inspirované živými organismy
  • Fyzické mapování problému
  • Bio-operace
  • Molekulární výpočty, výpočty pomocí DNA
  • Chemické reakční sítě jako programovací jazyk
  • Buněčné výpočty
  • Membránové výpočty
  • Molekulární programování
Studijní zdroje a literatura
  • AMOS, Martyn. Theoretical and experimental DNA computation. 1st ed. New York, NY: Springer, 2005, xiii, 172. ISBN 3-540-65773-8. info
  • Cellular computing. Edited by Martyn Amos. New York: Oxford University Press, 2004, xii, 226 p. ISBN 0195155408. info
  • CALUDE, Cristian. Computing with cells and atoms : an introduction to quantum, DNA and membrane computing. Edited by Gheorghe Paun. London: Taylor & Francis, 2001, x, 309. ISBN 0748408991. info
  • ROZENBERG, Grzegorz; Gheorghe PAUN a Arto SALOMAA. DNA computing : new computing paradigms. Berlin: Springer, 1998, ix, 400. ISBN 3540641963. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
přednáška, samostatné studium, miniworkshop
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Zkouška sestává z hodnocení dvou aktivit: 50% odpovídá hodnocení přednesu krátké presentace vybraného výzkumného tématu (včetně schopnosti diskuse); 50% odpovídá hodnocení řešení praktického miniprojektu umožňujícího seznámení s konkrétními technikami.


K hodnocení kolokviem je vyžadována pouze presentace tématu.

Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2026/PV270