PřF:Bi7540 Analýza dat v ekologii společ. - Informace o předmětu

Bi7540 Analýza dat v ekologii společenstev

Rozsah

1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

Mgr. Irena Axmanová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Kryštof Chytrý, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Branislav Kopčan (přednášející)
Mgr. Kristýna Ratajová (přednášející)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 10:00–10:50 D31/238, Út 14:00–15:50 B09/316

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biology II && !Bi7542 Data analysis in community ecology
Studenti by měli mít základní znalosti programu R včetně manipulací s daty, jednoduchých analýz a tvorby grafů. Studenti by měli zvládat minimálně základní statistické metody (ANOVA, jednoduchá lineární regrese).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekologie rostlin (program PřF, N-BOT)
• Fykologie a mykologie (program PřF, N-BOT)
• Ochrana přírody - botanika (program PřF, N-OCH)
• Ochrana přírody - zoologie (program PřF, N-OCH)
• Zoologie (program PřF, N-ZOL)

Anotace

V předmětu jsou probírány statistické metody zpracování dat o druhovém složení rostlinných nebo živočišných společenstev, bez ohledu na jejich taxonomické vymezení. Hlavní témata zahrnují: pokročilé příslupy manipulace dat, analzy diverzity, ordinační metody a metody numerické klasifikace. Na konci předmětu by studenti měli být schopni aplikovat příslušné analytické metody v prostředí R.

Výstupy z učení

Student by měl být schopen samostatně:
Zvolit vhodnou metodu analýzy dat za účelem zodpovězení konkrétní otázky týkající se diversity nebo druhového složemí ekologických společenstev;
Aplikovat tuto metodu;
Interpretovat výsledky analýzy;
Výsledky doprovodit grafickým výstupem;
Zahrnout analýzu do vědeckého textu;

Klíčová témata

• Typy dat v ekologii společenstev (složení společenstva, jednorozměrné charakteristiky společenstev, proměnné prostředí).
• Příprava dat pro numerické analýzy, formáty dat popisujících ekologická společenstva a jejich převádění, exploratorní analýza dat
• Výpočet indexů diversity a analýzy jejich vztahu k proměnným prostředí (mnohonásobná regrese), akumulační druhová křivka, rarefaction.
• Ekologická nepodobnost (indexy nepodobnosti a vzdálenosti mezi vzorky)
• Ordinační analýza (lineární vs unimodální, distance-based, přímá vs nepřímá, artefakty, ordinační diagramy, permutační testy, rozklad variance, parciální analýza)
• Design ekologických experimentů (manipulativní experimenty vs pozorování)
• Numerická klasifikace (hierarchická vs nehierarchická, aglomerativní vs divisivní)

Studijní zdroje a literatura

• Oksanen J. Vegan vignetes https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• BORCARD, Daniel; François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Přístupy, postupy a metody používané ve výuce

Teoretické přednášky, doplněné o praktické cvičení v počítačové učebně.

Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení

Ke zkoušce je třeba vypracovat krátkou esej, ve které student zanalyzuje vlastní nebo zapůjčená data pomocí probíraných statistických metod. Esej má podobu metodiky a výsledků vědeckého článku. Poté studenti prezentují eseje na kolokviu. Výsledná známka závisí na kvalitě eseje, prezentace a diskuze na kolokviu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi7542 Data analysis in community ecology
  (Bi5560 || Bi6050) && !Bi7540  

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2026/Bi7540