PřF:C2133 Úvod do chemoinformatiky - Informace o předmětu

C2133 Úvod do chemoinformatiky

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 15:00–16:50 B11/306

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 75 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 57/75, pouze zareg.: 0/75, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/75

Mateřské obory/plány

• Bioinformatika (program PřF, B-BIC)

Anotace

Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti chemoinformatiky. Základní ideou předmětu je vysvětlit nejdůležitější chemoinformatické metodiky pro práci s informacemi o malých organických molekulách.

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
Porozumět a reprezentovat 1D, 2D a 3D struktury malých organických molekul v počítači;
Porozumět metodikám pro predikci activity a vlastností molekuly a pro charakterizaci podobnosti molekuly.
Porozumět základním přístupům předpovědi vztahu struktura – aktivita – biologická funkce

Výstupy z učení

Po skončení kurzu bude student schopen popsat základní chemoinformaticé metodiky pro práci s malými organickými molekulami a ukázat jejich aplikaci na vybraných příkladech.

Klíčová témata

1. Co je chemoinformatika - popis oboru, jeho historie a využití 2. Databáze malých organických molekul 3. Zápis molekuly pomocí řetězce (SMILES, InChi, InChiKey), problém unikátního zápisu 4. Reprezentace a manipulace s dvoudimenzionálními (2D) strukturami molekul 5. Způsoby vyjádření 3D struktury molekuly a molekulárního system 6. Molekulární deskriptory 7. Fingerprinty - vektory popisující struktury a vlastnosti molekul 8. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou látek – QSAR 9. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a vlastnostmi látek – QSPR 10. 3D QSAR a 3D QSPR modely 11. Metody pro měření molekulární podobnosti 12. Chemický prostor a metodiky práce s ním

Studijní zdroje a literatura

• LEACH, Andrew R. a Valerie J. GILLET. An introduction to chemoinformatics. Dordrecht: Springer, 2005, xv, 259 s. ISBN 1-4020-1347-7. info
• BUNIN, Barry A. Chemoinformatics : theory, practice, & products. Dordrecht: Springer, 2007, xi, 295. ISBN 1402050003. info

Přístupy, postupy a metody používané ve výuce

přednášky s praktickými demonstracemi

Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení

Pisemný test

Další komentáře

Studijní materiály

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2026/C2133