C3760 AI in structural bioinformatics

Přírodovědecká fakulta
podzim 2026
Rozsah
1/1/0. 3 kr. Ukončení: k.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Tomáš Raček, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
The course is aimed at gaining knowledge on methods and applications of AI in structural bioinformatics. At the end of the course, students will be able to perform protein structure prediction using the AlphaFold2 algorithm and other approaches. In addition, students will gain experience with AlphaFoldDB and other databases of predicted structures. Students will also learn to work with modern methodologies and tools for processing and analyzing predicted structural data.
Výstupy z učení
After completing the course, the student will be able to use tools to predict 3D structures of biomacromolecules and perform analyses of these data.
Klíčová témata
  • Introduction to the course
  • AlphaFold2: History, algorithm, development
  • Other approaches for predicting 3D protein structures
  • AlphaFoldDB and other protein structure prediction databases
  • CATH and predicted protein families
  • Ligands in protein structures (AlphaFill, etc.)
  • Advantages and limitations of predicted 3D structures of biomacromolecules
  • Tools for analysis of predicted structures: FoldSeek, AlphaFind, AlphaCharges, etc.
Studijní zdroje a literatura
  • Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A., Green, T., Figurnov, M., Ronneberger, O., ... & Hassabis, D. (2021). Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature, 596(7873), 583-589.
  • Kumar, N., & Srivastava, R. (2024). Deep learning in structural bioinformatics: current applications and future perspectives. Briefings in Bioinformatics, 25(3), bbae042.
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Lectures, solving of examples, performing of analyses.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Written test.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2026/C3760