PřF:E4014 Projekt - Informace o předmětu

E4014 Projekt z Matematické biologie a biomedicíny - biomedicínská bioinformatika

Rozsah

0/3/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Ing. Vojtěch Bartoň (cvičící)
Mgr. Pavla Holochová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Vlad Calin Popovici, PhD (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Nejsou, jedná se o základní kurz.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)

Anotace

Studenti během tohoto kurzu řeší ve dvou až čtyřčlenných skupinách zadané problémy z oblasti zpracování, analýzy a modelování dat pocházejících z molekulárně biologických experimentů. Kromě vyřešení problému samotného se studenti prakticky seznámí s principy týmové práce.

Výstupy z učení

Po absolvování kurzu bude student schopen:
- nastudovat problematiku, které se týká zadaná úloha;
- používat vybrané nástroje a metody pro řešení zadané úlohy;
- prezentovat stav řešení zadané úlohy;
- týmové spolupráce.

Klíčová témata

• • 15.9. 10:30-12:30 Úvod, organizace, představení projektů Fakulta informatiky
  • 22.9. 10:30-12:30 Úvod do NGS Illumina a zpracování dat, nanopórové sekvenování, nextflow Fakulta informatiky
  • 29.9. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 6.10. 10:30-12:30 Checkpoint 1 - Prezentace projektů a plánů prací
  • Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • 13.10 10:00-13:00 Recetox - cvičení (Ilumina), Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • Samostudium - videopřednášky - analýza 16SrRNA dát
  • 20.10. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 27.10. 10:30-12:30 Checkpoint 2 - Meeting a prezentace průběžných výsledků - základní bioinformatické zpracování dat, kontrola kvality, odhad taxonomického složení
  • Fakulta informatiky
  • 3.11. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 10.11. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 17.11. státní svátek
  • 24.11. Checkpoint 3 - Meeting a prezentace průběžných výsledků - statistické analýzy a vizualizace
  • Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • 1.12. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 8.12. Checkpoint 4 - Minikonference - finální prezentace projektů
  • Fakulta informatiky
  • 15.12. Konzultace s mentorem (dokončování projektů)

Studijní zdroje a literatura

• BUDINSKÁ, Eva; Zbyněk BORTLÍČEK a Ladislav DUŠEK. Současné trendy v analýze genomických dat. Lékař a technika. 2011, roč. 2011. ISSN 0301-5491. info
• BUDINSKA, Eva a Zbyněk BORTLÍČEK. E-learning in genomic and proteomic data analysis. 2009. URL info

Přístupy, postupy a metody používané ve výuce

týmová práce, prezentace, konzultace, diskuze mezi týmy, samostudium Kurz bude učen dle harmonogramu výše. Protože jde o společný kurz s FI, část výuky bude na Univerzitním kampusu a část výuky na Fakultě informatiky.

Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení

dvě průběžné prezentace, jedna závěrečná prezentace vyřešeného problému analýzy dat

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2026/E4014