E5020 Analysis of Nontarget MS Data

Přírodovědecká fakulta
jaro 2027
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Helge Hecht, Ph.D., M.Sc. (přednášející)
Elliott James Price, PhD (přednášející)
doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jiří Kohoutek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Petr Kukučka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jan Kuta, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Vlad Calin Popovici, PhD
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Fundamental understanding of separation methods (chromatography) and mass spectrometry;
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Mateřské obory/plány
Anotace
The aim of this course is to teach students (i) the fundamentals of mass spectrometry data acquired for non-target studies, (ii) theory behind methods and algorithms (iii) how to use the knowledge gained to choose software tools to process data.
Výstupy z učení
At the end of this course, the students: - know the principles of mass spectrometry - know different approaches to separation and detection of molecules with a focus on liquid and gas chromatography - know basic data formats used in MS data processing - based on data type, methodology used and molecule type, select methods and algorithms for data pre-processing (normalization, filtering of signal, deconvolution, peak detection,...) and apply it to the data - are able to work with specialized SW and platforms for MS data analysis using Galaxy
Klíčová témata
1. Fundamentals of Instrumental Analysis (Chromatography, Mass Spectrometry); 2. Fundamentals of applications and experiment design (-omics, sample specifics, hypothesis); 3. Instrumental methods & data characteristics (acquisition methods, terminology, data characteristics); 4. Methods and algorithms for MS data processing 5. Software for MS Data processing; The exacts content of each class is announced in the interactive syllabus each semester.
Studijní zdroje a literatura
    doporučená literatura
  • PETERS, K; J BRADBURY; S BERGMANN; M CAPUCCINI; M CASCANTE; Atauri P DE; TMD EBBELS; C FOGUET; R GLEN; A GONZALEZ-BELTRAN; UL GUNTHER; E HANDAKAS; T HANKEMEIER; K HAUG; S HERMAN; Petr HOLUB; M IZZO; D JACOB; D JOHNSON; F JOURDAN; N KALE; I KARAMAN; B KHALILI; PE KHONSARI; K KULTIMA; S LAMPA; A LARSSON; C LUDWIG; P MORENO; S NEUMANN; JA NOVELLA; O Donovan C; JTM PEARCE; A PELUSO; ME PIRAS; L PIREDDU; MAC REED; P ROCCA-SERRA; P ROGER; A ROSATO; R RUEEDI; C RUTTKIES; N SADAWI; RM SALEK; SA SANSONE; V SELIVANOV; O SPJUTH; D SCHOBER; EA THEVENOT; M TOMASONI; M VAN RIJSWIJK; M VAN VLIET; MR VIANT; RJM WEBER; G ZANETTI a C STEINBECK. PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud. GIGASCIENCE. OXFORD: OXFORD UNIV PRESS, 2019, roč. 8, č. 2, 12 s. ISSN 2047-217X. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/gigascience/giy149. URL info
  • Mass spectrometry in metabolomics : methods and protocols. Edited by Daniel Raftery. New York: Humana Press, 2014, xvi, 360. ISBN 9781493912575. info
    neurčeno
  • SKOOG, Douglas A.; F. James HOLLER a Stanley R. CROUCH. Principles of instrumental analysis. Seventh edition. Boston: Cengage Learning, 2018, xx, 959. ISBN 9781305577213. info
  • GROSS, Jürgen H. Mass spectrometry : a textbook. Edited by Peter Roepstorff. 2nd ed. Berlin: Springer, 2011, xxiv, 753. ISBN 9783642107092. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
The course is taught in English.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
written test
Vyučovací jazyk
Angličtina
Odkaz a informace vyučujících
https://www.recetox.muni.cz/en/services/data-services-2/spectrometric-data-processing-and-analysis
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025, jaro 2026.