Bakalářská práce

Genomické ostrovy v genomu plísně asociované se syndromem bílých nosů

Genomic islands in a fungus genome

Kamil Jaroň
Anotace

Akutní plísňové onemocnění zvané syndrom bílého nosu způsobuje v Severní Americe masové vymírání netopýrů. Toto onemocnění způsobuje plíseň Geomyces destructans, jež je jediným patogenem v rodu. Ve své bakalářské práci testuji hypotézu o přítomnosti horizontálně přenesených genů v genomu plísně Geomyces destructans způsobujících její patogenitu. Použité metody jsou založeny na pozorování frekvencí …více

Abstract

The emerging infectious disease white-nose syndrome causes mass mortality if bat populations in North America. Its causative agent is the fungus \textit{Geomyces destructans}, that is the only known pathogen from the genus. This thesis tests the hypothesis about acquired pathogenicity of \textit{Geomyces destructans} is caused by horizontal transfer. The used methods are based on composition of frequencies …více

Klíčová slova
Genomické ostrovy eukaryotický genom genom Geomyces destructans horizontální transfér složení bází syndrom bíleho nosu Genomic islands eukaryotic genome genome horizontal transfer base composition white-nose syndrome
Zadání práce

Cílem práce je zjistit, zda se v genomu plísně Geomyces destructans nacházejí geny získané horizontálním přenosem, které by mohly vysvětlovat, proč infekce této plísně v Severní Americe vede k lokálnímu vyhubení populací netopýrů se syndromem bílého nosu. Student si nastuduje metody detekce genomických ostrovů a horizontálního transferu genů u eukaryotických organismů. Stáhne si pracovní verzi sekvence genomu plísně Geomyces destructans a v supercontizích se pokusí identifikovat možné genomické ostrovy. Použije metody založené na kompozici sekvence a metody porovnávací genomiky.

Práce bude napsaná v anglickém jazyce.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
20. 5. 2013 16:25, doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
Plný text práce
1,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
12. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
RECETOX PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Literatura

  • FELSENSTEIN, Joseph. Inferring phylogenies. Sunderland, Mass.: Sinauer Associates, 2004, xx, 664. ISBN 0878931775.
  • MARTÍNKOVÁ, Natália; Peter BAČKOR; Tomáš BARTONIČKA; Pavla BLAŽKOVÁ; Jaroslav ČERVENÝ; Lukáš FALTEISEK; Jiří GAISLER; Vladimír HANZAL; Daniel HORÁČEK; Zdeněk HUBÁLEK; Helena JAHELKOVÁ; Miroslav KOLAŘÍK; Ľuboš KORYTÁR; Alena KUBÁTOVÁ; Blanka LEHOTSKÁ; Roman LEHOTSKÝ; Radek LUČAN; Ondřej MÁJEK; Jan MATĚJŮ; Zdeněk ŘEHÁK; Jiří ŠAFÁŘ; Přemysl TÁJEK; Emil TKADLEC; Marcel UHRIN; Josef WAGNER; Dita WEINFURTOVÁ; Jan ZIMA; Jan ZUKAL a Ivan HORÁČEK. Increasing Incidence of Geomyces destructans Fungus in Bats from the Czech Republic and Slovakia. PLoS ONE. Sydney, Australia: Dee A. Carter, University of Sydney, Aus, 2010, roč. 5, č. 11, s. e13853, 7 s. ISSN 1932-6203.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.