Bakalářská práce

Transkriptomická analýza bakterie Bacillus cereus

Transcriptomic analysis of Bacillus cereus

Petra Kubasová
Anotace

Bakalářská práce se věnuje transkriptomické analýze bakterie Bacillus cereus. Bakterie Bacillus cereus se řadí mezi patogenní mikroorganismy, které mohou způsobit alimentární onemocnění skrze kontaminaci různých druhů potravin. Dnes preferovanou metodou pro analýzu transkriptomu je sekvenování nové generace (tzv. RNA-seq), které je i široce využíváno ke studiu patogenních bakterií. Na datech poskytnutých …více

Abstract

The bachelor thesis is devoted to transcriptomic analysis of Bacillus cereus. Bacillus cereus is one of the pathogenic microorganisms that can cause alimentary diseases through contamination of different types of food. Today, the preferred method for transcriptome analysis is by next-generation sequencing (called RNA-seq), which is also widely used to study pathogenic bacteria. Transcriptomic analysis …více

Klíčová slova
Bacillus cereus Illumina RNA-seq sekvenování transkriptom sequencing transcriptome
Zadání práce

Bacillus cereus je znám především jako původce enterotoxikóz neboli alimentárních intoxikací, tzv. otrav z potravin. Cílem práce je určit transkripční profil bakterie Bacillus Cereus kultivované při různém složení média a určit jaký vliv na bakterii má obsah různých druhů cukrů v kultivačním médiu.

Student/ka v této práci:

1. Nastuduje poznatky o metabolismu B. cerea vzhledem k různým nutrientům

2. Nastuduje postupy sekvenace Illumina technologií a bioinformatického zpracování transkriptomických dat

3. Vybere a aplikuje metodiku pro bioinformatickou analýzu dostupných sekvenačních dat.

4. Porovná jednotlivé vzorky a určí vliv sacharidů na aktivitu B. cereus

5. Výsledky vhodně interpretuje a odiskutuje.

Doporučená literatura

- Van Melis, C. C. J., et al. "Characterization of germination and outgrowth of sorbic acid-stressed Bacillus cereus ATCC 14579 spores: phenotype and transcriptome analysis." Food microbiology 28.2 (2011): 275-283.

- Duport, Catherine, Michel Jobin, and Philippe Schmitt. "Adaptation in Bacillus cereus: from stress to disease." Frontiers in Microbiology 7 (2016): 1550.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2023 11:43, Ing. Vojtěch Bartoň, učo 429992
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Ing. Vojtěch Bartoň, učo 429992
SekvDat Infra RECETOX PřF MU

Oponent

Ing. Markéta Nykrýnová
Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, Ústav biomedicínského inženýrství

Konzultant

prof. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA, učo 106107
Environ EnvEpi RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.