Diplomová práce

Vývoj nástroje pro online administraci biochemického prostoru

Development of a tool for online maintenance of biochemical space

Bc. Milan Mikuš
Anotace

V tejto magisterskej práci popisujem požiadavky, návrh, architektúru a implementáciu nástroja na online správu Biochemického priestoru. Biochemický priestor je formálne definovaný rámec, ktorý slúži na popis modelov biochemických reakcií. Súčasťou tohoto nástroja je aj editor Biochemického jazyka, ktorý poskytuje zvýrazňovanie chýb a inteligentné ofarbovanie výrazov.

Abstract

In this thesis, I describe requirement specification, design, and architecture as well as implementation details of an online administration tool for the Biochemical Space. The Biochemical Space formally defended framework for describing reaction networks of biological systems and linking them to other knowledge bases. A notable part of the administration system is an editor that provides semantic …více

Zadání práce

Domain-specific publicly shared model repositories make an important tool for future development of systems and synthetic biology. A crucial part of such repositories is to rigorously and systematically organise current knowledge about modelled living organisms. To that end, a comprehensive modelling platform e-cyanobacterium.org has been developed. The platform supports formal specification of biological knowledge in terms of a rule-based language called Biochemical Space Language (BCSL).

The goal of this thesis is to design and develop a tool for robust maintenance of BCSL specifications online. The requirements on the functionality are the following:

  • internal consistency checking of edited records
  • syntax highlighting
  • integration with e-cyanobacterium.org database
  • visualisation of expressions (optional)

Programming language and paradigm is left completely to the author. The thesis will describe specification, design and structure of the implementation. Basic testing of the produced software is expected in order to guarantee robustness of the implemented tool.

Práce zkontrolována:
21. 5. 2018 12:32, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

Mgr. Jakub Šalagovič, učo 410340
KSUZD FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.