Závěrečná práce: Bc. Milan Mikuš: Vývoj nástroje pro online administraci biochemického prostoru
Diplomová práce
Vývoj nástroje pro online administraci biochemického prostoru
Development of a tool for online maintenance of biochemical space
Anotace
V tejto magisterskej práci popisujem požiadavky, návrh, architektúru a implementáciu nástroja na online správu Biochemického priestoru. Biochemický priestor je formálne definovaný rámec, ktorý slúži na popis modelov biochemických reakcií. Súčasťou tohoto nástroja je aj editor Biochemického jazyka, ktorý poskytuje zvýrazňovanie chýb a inteligentné ofarbovanie výrazov.
Abstract
In this thesis, I describe requirement specification, design, and architecture as well as implementation details of an online administration tool for the Biochemical Space. The Biochemical Space formally defended framework for describing reaction networks of biological systems and linking them to other knowledge bases. A notable part of the administration system is an editor that provides semantic …více
Zadání práce
Domain-specific publicly shared model repositories make an important tool for future development of systems and synthetic biology. A crucial part of such repositories is to rigorously and systematically organise current knowledge about modelled living organisms. To that end, a comprehensive modelling platform e-cyanobacterium.org has been developed. The platform supports formal specification of biological knowledge in terms of a rule-based language called Biochemical Space Language (BCSL).
The goal of this thesis is to design and develop a tool for robust maintenance of BCSL specifications online. The requirements on the functionality are the following:
- internal consistency checking of edited records
- syntax highlighting
- integration with e-cyanobacterium.org database
- visualisation of expressions (optional)
Programming language and paradigm is left completely to the author. The thesis will describe specification, design and structure of the implementation. Basic testing of the produced software is expected in order to guarantee robustness of the implemented tool.
21. 5. 2018 12:32, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
- Zadáno/změněno 21. 6. 2018 16:39, Helena Kryštofová
- Záznam založen 7. 5. 2018 09:54, Jana Zemanová, učo 9619
- Zveřejnit od 21. 5. 2018 10:29, Alena Dvořáková
- Práce převzata 21. 5. 2018 10:29, Alena Dvořáková
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Využití softwarových nástrojů pro řízení firemních procesů
Ing. Alexandra Vassová -
Rozšíření mobilní aplikace Kapesní skautIS o agendy pro vedoucí oddílů
Bc. Tomáš Treskoň, učo 469131 -
Formal representation of graphical models of biological systems
Ing. Samuel Kulíšek -
Vývoj konceptu autora a jeho súčasná pozícia v prostredí grafického softvéru
Mgr. Ján Solčáni -
Zapojení zákazníka (Customer involvement) do procesu návrhu a vývoje produktu ICT
Ing. Anna Šestáková -
Konverzia interakčných sietí na čiastočne špecifikované Booleovské siete v nástroji CaSQ
Mgr. Bc. Ivan Frák -
Využitie LLM na extrakciu formálnych vlastností biologických modelov z literatúry
Ing. Richard Harman -
Informační podpora řízení zpětných toků v logistice
Ing. Tomáš Karas




