Diplomová práce

Příprava rostlinných fosfoproteinů pro LC-MS/MS analýzu

Preparation of plant phosphoproteins for LC-MS/MS analysis

Bc. Jakub Kačenga
Anotace

Tato diplomová práce se zabývá studiem fosfoproteinů v rostlinném vzorku Arabidopsis thaliana. Cílem práce je optimalizace podmínek pro identifikaci co nejvyššího počtu fosfopeptidů pomocí LC-MS/MS analýzy. Klíčovou roli při identifikaci fosfopeptidů hraje obohacení fosfopeptidů. V současné době je známo několik různých typů obohacení, nicméně v této práci je využito metody TiO2-MOAC. V práci jsou …více

Abstract

The diploma thesis deal with the study of a phosphoproteins in an organism of Arabidopsis thaliana. The main aim of the thesis is the optimalization of conditions of sample preparation protocol prior LC-MS/MS analysis to identify maximum number of phosphopeptides. The phosphopeptide enrichment plays a key role in the process of phosphopeptide identification. Phosphopeptide enrichment enables removal …více

Klíčová slova
proteomika fosforylace fosfopeptidy obohacení fosfopeptidů úspěšnost obohacení hmotnostní spektrometrie proteomics phosphorylation phosphopeptides phosphopeptide enrichment enrichment efficiency mass spectrometry
Zadání práce

Fosforylace proteinů je hlavním mechanismem v mnoha regulačních procesech rostlin. Díky rychlému rozvoji metod a hmotnostně spektrometrické instrumentace se stala charakterizace fosfoproteinů rutinním postupem v proteomice. Proteiny jsou nejdříve enzymaticky štěpeny na peptidy a frakce fosfopeptidů je obohacena pomocí afinitních metod (TiO2, IMAC atd.). V kombinaci s vhodnou frakcionační metodou (např. HILIC, SCX, HpH) je možné v komplexních vzorcích stanovit i několik desítek tisíc fosforylačních míst. Ale velkou nevýhodou těchto přístupů je potřeba velkého množství počátečního proteinového materiálu (> 1mg). V případě vzorků, u kterých není možné získat takto velká množství počátečního materiálu, je nutné přistoupit k optimalizaci standardních metodik. Student se bude zabývat optimalizací různých postupů obohacení a následné chromatografické frakcionace fosfopeptidů z omezeného množství vzorků rostliny Arabidopsis thaliana.

Práce bude vypracována na pracovišti VS Proteomika, CEITEC-MU (pavilon A26) s využitím moderní hmotnostně spektrometrické instrumentace.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2017 07:16, prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr., učo 34759
Plný text práce
2,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
5. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr., učo 34759
ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultanti

Mgr. Kateřina Hanáková, Ph.D., učo 357771
Proteomics MCGPR CEITEC MU
Mgr. Karel Stejskal, Ph.D.
abs PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.