Druh představuje základní jednotku mnoha ekologických a evolučních procesů. Jejich studium proto vyžaduje vymezit jednotlivé druhy srovnatelným způsobem. Jedním z metodicky konzistentních přístupů k tomuto problému je fylogenetická analýza sekvencí velkého počtu genů. Vodítkem pro přiznání druhového statusu pak může být tzv. index genealogické divergence (genealogical divergence index, gdi), který vyjadřuje nakolik má stávající genetická variabilita druhu původ v něm samotném anebo nakolik je naopak součástí ancestrálního polymorfismu sdíleného napříč druhy. Student se důvěrně seznámí s koalescenčními modely, které jsou základem těchto analýz a naučí se je provádět ve volně dostupném softwaru BP&P. U několika rodů afrických malých savců pak za použití již existujících dat odhadne druhové stromy a jejich parametry (populační velikosti a stáří společných předků). Pro každou koncovou větev (=stávající druh) i vnitřní větev (=ancestrální druh) spočítá hodnotu gdi a prozkoumá četnost a distribuci genealogicky divergentních druhů v přítomnosti i v minulosti.

Literatura:
Rannala B, Edwards SV, Leaché A, Yang Z (2020) The Multi-species Coalescent Model and Species Tree Inference. In: Scornavacca C, Delsuc F, Galtier N (Eds): Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, Ch. 3.3. hal-02535622
Flouri T, Jiao X, Rannala B, Yang Z (2018) Species Tree Inference with BPP using Genomic Sequences and the Multispecies Coalescent. Molecular Biology and Evolution, 35: 2585-2593. https://doi.org/10.1093/molbev/msy147
Leaché AD, Zhu T, Rannala B, Yang Z, The Spectre of Too Many Species, Systematic Biology, 68: 168–181. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy051