Bakalářská práce

Parametrizace metody EEM pro výpočet nábojů v proteinech

Parametrization of EEM Approach for Calculation of Charges in Proteins

Alžběta Türková
Anotace

Parciální atomové náboje jsou reálná čísla, která popisují rozložení elektronové hustoty na atomech v rámci molekuly. Nelze je přímo určit pomocí experimentálních metod, neboť atomové náboje nejsou fyzikálně pozorovatelné veličiny. Jsme tedy odkázáni na jejich výpočet pomocí metod teoretické chemie. Tyto metody se formálně dělí do dvou skupin. Kvantově mechanické ab-initio metody poskytují přesné výsledky …více

Abstract

Partial atomic charges are real numbers that describe distribution of electronic density in the atoms within a molecule. They cannot be directly measured via experimental methods, because atomic charges are not physically observable quantities. Therefore, we have to rely on their calculation using methods of theoretical chemistry. These methods are formally divided into two branches. Quantum mechanical …více

Klíčová slova
EEM ab-initio parciální atomové náboje kvantová mechanika empirické metody metaloproteiny partial atomic charges quantum mechanics empirical methods metalloproteins
Zadání práce
Parciální atomové náboje poskytují informace o distribuci elektronové hustoty v rámci molekuly. Hodnoty nábojů jsou proto velmi užitečné pro různé oblasti teoretické a výpočetní chemie. Parciání atomové náboje se běžně počítají pomocí kvantově mechanických ab-initio metod. Tyto metody jsou však velmi výpočetně náročné a nelze je proto využít pro rozsáhlejší molekuly, např. pro proteiny. Výrazně rychlejší jsou empirické metody, z nichž nejpoužívanější je v současné době metoda EEM (Electronegativity Equalization Method). Tato empirická metoda vyžaduje parametry, které jsou vypočítané na základě kvantově mechanických nábojů. V minulosti bylo publikováno několik sad takovýchto EEM parametrů. Bohužel EEM parametry jsou v současné době dostupné jen pro některé typy proteinů. Proto se tato bakalářská práce zaměřuje na parametrizaci EEM pro proteiny. Konretní cíle práce jsou:
  • vybrat vhodné proteiny obsahující vápník
  • pečlivě vytvořit fragmenty pro ab-initio výpočet
  • vypočítat parciální atomové náboje na atomech v těchto fragmentech pomocí kvantové mechaniky
  • provést EEM parametrizaci na základě nábojů vypočítaných kvantovou mechanikou
  • validovat získané parametry
  • aplikovat vytvořený pracovní postup pro proteiny obsahující zinek
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2015 19:32, RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887
Plný text práce
2,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
19. 6. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887
NCBR PřF MU

Oponent

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
CF BioData CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.