Disertační práce

Chemoinformatické metodiky pro predikci fyzikálně-chemických vlastností molekul

Chemoinformatical methods for prediction of physico-chemical properties of molecules

RNDr. Stanislav Geidl, učo 327887
Anotace

Chemoinformatické přístupy pro výpočet fyzikálních a chemických vlastností organických molekul, speciálně pak molekul dosud nesyntetizovaných, jsou velmi užitečné v rámci procesu vývoje léčiv a v dalších oblastech moderních přírodních věd. Jednou z velmi důležitých vlastností organických molekul je disociační konstanta (pKa). pKa lze úspěšně predikovat pomocí chemoinformatických modelů založených na …více

Abstract

Chemoinformatic approaches for predicting physicochemical properties, especially in the case of unsynthesized molecules, are beneficial in the drug design process and other modern life science fields. One of the most important properties of organic molecules is the dissociation constant (pKa). pKa is successfully predictable by chemoinformatics models based on partial atomic charges - these models …více

Zadání práce
Znalost jistých klíčových fyzikálně-chemických vlastností látek (např. disociační konstanty, rozdělovacího koeficientu apod.) je velmi důležitá pro oblasti chemického, biologického, environmentálního a farmaceutického výzkumu. Takovéto informace jsme schopni využít např. v rámci procesu vývoje léků, kdy jsme díky nim schopni vybrat nejvhodnější kandidáty případně naopak odstranit molekuly s nevhodnými vlastnostmi.
V nedávné době bylo vyvinuto několik chemoinformatických metodik, které se zaměřují na predikci fyzikálně-chemických vlastností na základě struktury molekuly. Prvním krokem uvedených metodik je výpočet číselných charakteristik molekul, neboli deskriptorů. Dalším krokem je pak využití deskriptorů v rámci sofistikovaných matematických vztahů, které slouží pro predikci zkoumané vlastnosti.
Tato práce se zaměřuje na vývoj a parametrizaci chemoinformatických metodik pro výpočet disociačních konstant. Jako deskriptory budou využívány různé typy parciálních atomových nábojů a zkoumané matematické metodiky budou následující: QSPR (Quantitative Structure-Property Relationship) modelování, rozhodovací stromy a databázové přístupy. V pozdějších fázích práce je možno se zaměřit na predikci dalších vlastností, vývoj nových predikčních algoritmů a rozšíření skupiny zkoumaných molekul i na biopolymery.
Práce zkontrolována:
2. 10. 2021 07:29, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
7,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
3. 12. 2021
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponenti

doc. RNDr. Michal Čajan, Ph.D., učo 6989
ext ÚChem Chem PřF MU, UP Olomouc
prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
ext NCBR PřF MU, VŠCHT Praha

Konzultant

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
NCBR PřF MU

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Plán
Biomolekulární chemie a bioinformatika
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.