Závěrečná práce: RNDr. Stanislav Geidl, učo 327887: Chemoinformatické metodiky pro predikci fyzikálně-chemických vlastností molekul
Disertační práce
Chemoinformatické metodiky pro predikci fyzikálně-chemických vlastností molekul
Chemoinformatical methods for prediction of physico-chemical properties of molecules
Anotace
Chemoinformatické přístupy pro výpočet fyzikálních a chemických vlastností organických molekul, speciálně pak molekul dosud nesyntetizovaných, jsou velmi užitečné v rámci procesu vývoje léčiv a v dalších oblastech moderních přírodních věd. Jednou z velmi důležitých vlastností organických molekul je disociační konstanta (pKa). pKa lze úspěšně predikovat pomocí chemoinformatických modelů založených na …více
Abstract
Chemoinformatic approaches for predicting physicochemical properties, especially in the case of unsynthesized molecules, are beneficial in the drug design process and other modern life science fields. One of the most important properties of organic molecules is the dissociation constant (pKa). pKa is successfully predictable by chemoinformatics models based on partial atomic charges - these models …více
Zadání práce
V nedávné době bylo vyvinuto několik chemoinformatických metodik, které se zaměřují na predikci fyzikálně-chemických vlastností na základě struktury molekuly. Prvním krokem uvedených metodik je výpočet číselných charakteristik molekul, neboli deskriptorů. Dalším krokem je pak využití deskriptorů v rámci sofistikovaných matematických vztahů, které slouží pro predikci zkoumané vlastnosti.
Tato práce se zaměřuje na vývoj a parametrizaci chemoinformatických metodik pro výpočet disociačních konstant. Jako deskriptory budou využívány různé typy parciálních atomových nábojů a zkoumané matematické metodiky budou následující: QSPR (Quantitative Structure-Property Relationship) modelování, rozhodovací stromy a databázové přístupy. V pozdějších fázích práce je možno se zaměřit na predikci dalších vlastností, vývoj nových predikčních algoritmů a rozšíření skupiny zkoumaných molekul i na biopolymery.
2. 10. 2021 07:29, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Oponenti
ext NCBR PřF MU, VŠCHT Praha
Konzultant
NCBR PřF MU
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Backend pro databázi parciálních atomových nábojů
Bc. Miroslava Voglová -
Metody pro výpočet poloh atomů vodíků v proteinech
Mgr. Šimon Zouvala -
Predikce hodnot pKa na základě EEM atomových nábojů
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887 -
Parametrizace metody EEM pro výpočet nábojů v proteinech
Mgr. Alžběta Türková -
Vliv 3D struktury molekul na kvalitu predikce pKa
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887 -
Parametrizace EEM pro chemoinformatické aplikace
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. -
Atomové typy v metodách pro výpočet parciálních atomových nábojů
Mgr. Radka Slaná -
Predikce fyzikalně-chemických vlastností pomocí nábojových deskriptorů
Mgr. Václav Hejret




