Diplomová práce

Tooling for The Research Results Gathered from Biospecimen

Bc. Adam Repaský
Anotace

Biobankovníctvo je veľmi dôležité pre výskum, no skladovanie vzoriek má svoje náklady, takže je dôležité rozhodnúť, ktoré vzorky sú najcennejšie. Táto práca vo svojom začiatku uvádza do problematiky biobankovníctva, zoznamuje čitateľa s infraštruktúrou BBMRI-ERIC a popisuje funkcionalitu komponentov, ktoré táto infraštruktúra na svoje fungovanie využíva. Hlavnou časťou práce je návrh spôsobu hodnotenia …více

Abstract

Biobanking is vital for research, but storing samples has costs, so it's important to decide which samples are most valuable. In its beginning, this thesis introduces the issue of biobanking, introduces the reader to the BBMRI-ERIC infrastructure, and describes the functionality of the components that this infrastructure uses for its functioning. The main part of this work is designing a way to evaluate …více

Zadání práce
This diploma thesis topic is focused on additional module/tool development requested by the biobanking community in Germany. It is intended to enrich sample and clinical information stored at biobanks with metadata obtained from sample usage. The work covers an analysis and understanding of the existing infrastructure (Bridgehead and Locator) for samples and data search, design of new functionality, and a first prototype of the module/tool realizing the new functionality. Since the components are handling patient and sample data, the thesis includes a consideration of the security aspects of such an infrastructure, as well as safe communication protocols. The new functionality should enable the provision of information (metadata) about the results gathered from the samples by researcher to the biobank which provided the data and samples at the beginning of a scientific project. The metadata will be propagated back to the Bridgehead and will be searchable via the Locator component. In this way, the research results based on the samples and data from the biobank will be linked to the sample and data source, making them findable and accessible to the wider scientific community. The number of repeating sample analyses should thus diminish, because the researchers will be able to find out that a given sample analysis has already been done and will easily be able to find the results. The student will work with CQL, FHIR servers, Java, and be part of a team of developers working on the components mentioned above and maintaining the infrastructure used by German biobanks.
Práce zkontrolována:
21. 12. 2023 09:18, Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
5. 2. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
ADM RE-infra CERIT-SC ÚVT MU

Oponent

RNDr. Martin Kuba, Ph.D., učo 3988
BDI DITI ÚVT MU

Konzultant

Prof. Martin Lablans, Ph.D.
Deutsches Krebsforschungszentrum

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Plán
Počítačové sítě a komunikace
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.