Bakalářská práce

Bioinformatické nástroje pro studium a analýzu lokálních struktur DNA

Bioinformatics tools for the study and analysis of local DNA structures

Petr Opravil
Anotace

V této bakalářské práci se věnuji bioinformatickým nástrojům pro studium a analýzu lokálních struktur DNA. Lokální struktury DNA jsou konformace lišící se od nejběžnější Watson-Crickové B-DNA konformace. Kromě speciálních podmínek v prostředí je pro vznik lokálních struktur zapotřebí konkrétních kombinací nukleotidů. Právě tato vlastnost umožňuje vytvářet algoritmy pro hledání těchto sekvencí a vyvíjet …více

Abstract

In this thesis I study bioinformatics tools which are used for studying and analysis of local DNA structures. Local structures of DNA are specific conformations of DNA which are different from the most common Watson-Crick B-DNA conformation. The formation of these structures does not only depend on special physical and chemical conditions, but also specific combination of nucleotides is required. Due …více

Klíčová slova
DNA Non-B DNA Z-DNA křížová struktura kvadruplex triplex bioinformatický nástroj Cruciforms Quadruplex Bioinformatics tool
Zadání práce
Kromě nejběžnější B-DNA formy se vyskytuje v molekulách DNA celá řada lokálních struktur. V poslední době se ukazuje, že tyto lokální struktury hrají zásadní roli v mnoha biologických procesech včetně replikace, transkripce a translace. Mezi nejlépe charakterizované lokální struktury patří křížová struktura, triplex, G-kvadruplex, i-motiv a levotočivá Z-DNA. Pro formování těchto struktur je nutné, aby se v sekvenci nukleových kyselin vyskytovali určité kombinace nukleotidů, například pro vznik křížové struktury je nutná přítomnost inverzní repetice a pro vznik kvadruplexové DNA je nutná oblast bohatá na guaniny se čtyřmi opakováními guaninové repetice. Pro analýzu lokálních struktur v DNA existuje celá řada bioinformatických nástrojů. Cílem bakalářské práce je literární rešerše. Je vyžadována aktivní účast studenta při přípravě a zpracování rešerše a aktivní seznámení s bioinformatickými nástroji a laboratorními technikami používanými na pracovišti. Student se bude podílet na projektech řešených na pracovišti školitele.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
13. 5. 2019 07:40, prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D., učo 15548
Plný text práce
2,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
11. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D., učo 15548
AnatÚ Teorie LF MU

Oponent

Mgr. Michal Franek, Ph.D., učo 357550
MKChr MCGPR CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.