Cisplatina je jedním z nejúspěšnějších léčiv proti některým druhům rakoviny (zejména rakoviny prostaty) od jejího schválení FDA (Food and Drug Administration) v roce 1978. V posledních dekádách byla vyvinuta celá řada derivátů cisplatiny s cílem šetrnějšího účinku na ledviny a játra postižených pacientů a rovněž ve snaze rozšířit účinnost léků odvozených od cisplatiny i na jiné druhy nádorů.

Cisplatina interaguje s DNA obsahující sousední guaniny za vzniku majoritního produktu, kterým je intrařetězcový platinovaný krosslink. Touto kovalentní změnou dojde k ohnutí a rozvinutí DNA dvoušroubovice. Práce publikující struktury adukty DNA s různými deriváty cisplatiny prezentují široký rozptyl úhlů ohnutí DNA v místě krosslinku od 90 stupňů až po cca 30 stupňů.

Cílem diplomové práce je určit pomocí nukleární magnetické rezonance (NMR) strukturu DNA oligomeru obsahujícímu cisplatinový krosslink a pomocí teoretických výpočtů ve spojení s Ramanskou spektroskopií odhadnout flexibilitu případně zastoupení různých konformací, které se vyskytují in vitro.

Student/ka si během diplomové práce osvojí postup měření nukleárně magentických spekter od jednoduchých 1D pro izotopy vodíku a fosforu až po korelační spektroskopie zahrnující NOESY, COSY, TOCSY a HSQC spektra. Student se naučí naměřená spektra zpracovávat a vyhodnocovat pomocí programu NMRPipe, NMRDraw, TopSpin, Sparky a pod. Součástí práce je rovněž výpočet ramanských vibračních frekvencí pomocí programu Gaussian a jejich porovnání s experimentálními údaji.

Práce může být vypracována v českém nebo anglickém jazyce.

• Ryan C. Todd, Stephen J. Lippard Journal of Inorganic Biochemistry 104 (2010) 902–908.
• Kelland, L. NATURE REVIEWS - CANCER, 7 (2007) 573-584.
• Lippert, B. (Ed.): Cisplatin: Chemistry and Biochemistry of a Leading Anticancer Drug. Verlag Helvetica Chimica Acta, Zurich, Switzerland, 1999.
• Sherman, S.E., Gibson, D., Wang, A.H.-J. and Lippard, S.J. J. Am. Chem. Soc. 110 (1988) 7368-7381