Proteiny jsou velmi důležitými molekulami pro všechny typy organismů. V rámci buněk vykonávají mnoho klíčových funkcí, např. funkci katalytickou, řídící a regulační, transportní, stavební, ochrannou apod. Proteiny jsou rozsáhlé biomolekuly, jenž se skládají z několika tisíc atomů. Tyto molekuly ve své struktuře často obsahují volné prostory – např. dutiny, tunely, póry, kapsy. V dutinách se v mnoha případech nachází aktivní místa proteinu, která jsou pomocí tunelů spojeno s vnějším prostředím. Pomocí pórů zase běžně dochází k transportu látek. Proto je velmi důležité mít informaci o poloze tunelů a pórů. Existuje několik softwarových nástrojů pro vyhledávání takovýchto oblastí (např. Mole, Caver a MolAxis). Otázkou ovšem zůstává, jestli jsou tyto nástroje opravdu schopny správně detekovat příslušné oblasti. Biologickou relevanci vypočítaných tunelů a pórů lze ověřit například jejich porovnáním s tunely a póry, které byly v proteinu detekovány experimentálně. Informace o tunelech a pórech, nalezených pomocí experimentálních metod, však není snadné získat. Takovéto informace jsou totiž rozesety v mnoha různých publikacích, které je nutno prostudovat a uvedené informace z nich vyextrahovat. A právě sběr informací o tunelech a pórech je předmětem této bakalářské práce. Konkrétní cíle práce jsou:

• Nastudovat pojmy související s problematikou (tunel, pór, 3D struktura proteinu, PDB formát, apod.)
• Seznámit se se softwarovým nástrojem Mole
• Prostudovat vědecké články popisující experimentálně zjištěný výskyt tunelů a pórů v proteinech
• Vypsat základní informace o tunelech a pórech nacházejících se v alespoň dvaceti různých proteinech