Diplomová práce

Structural Bioinformatics Application Platform

Bc. Eduard Ruisl
Anotace

Štrukturálna bioinformatika je rýchlo rozvíjajúci sa interdisciplinárny odbor s obrovským dopadom na výskum v modernej biomedicíne. Schopnosť predikovať a spracovávať molekulárne štruktúry je zásadná pre dosahovanie prelomových objavov, ako sú nové liečivá. Národné Centrum pre Výskum Biomolekúl, pod záštitou Masarykovej Univerzity, prispieva k tomuto výskumu vývojom nových programov a webových aplikácií …více

Abstract

Structural bioinformatics is a rapidly evolving interdisciplinary field with a huge impact on modern biomedical research. The ability to predict and process molecular structures is crucial for reaching groundbreaking discoveries, such as new drugs. Masaryk University's National Centre for Biomolecular Research contributes to this research by developing new programs and web applications. Among other …více

Klíčová slova
Bioinformatics WebChem ChemTools Python API FastAPI PostgreSQL RabbitMQ MinIO Software architecture Platform design
Zadání práce
V rámci výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika (SB) v rámci Národního centra pro výzkum biomolekul (NCBR) na PřF MU bylo vyvinuto množství nástrojů a webových aplikací pro výpočty nad molekulovými strukturami.

Architektura těchto aplikací je však většinou poměrně zastaralá, aplikace často kopírují kód svých předchůdců, takže vznikají duplicity, mnohé problémy je nutné řešit opakovaně. Stejně tak není možné efektivně sdílet zdroje mezi jednotlivými aplikacemi a jednoduše přidávat nové funkce do stávajících aplikací.

Cílem diplomové práce tedy je:
  • Seznámit se s aplikacemi vyvinutými v rámci SB NCBR.
  • Navrhnout modulární platformu, nad kterou by šlo takové aplikace do budoucna stavět. Ta by měla obsahovat:
    • definici API;
    • výpočetní aplikace v kontejnerech;
    • definici sdíleného úložiště a přístupu k němu;
    • fronty úloh;
    • logování přístupů a výpočtů;
    • cachování výpočtů;
    • autentizovaný přístup.
  • Implementovat a otestovat proof-of-concept navržené platformy v cloudovém prostředí MetaCentra.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2025 08:57, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,5 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
16. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Adrián Rošinec, učo 469240
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Návrh a vývoj softwarových systémů

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.