Diplomová práce

Bioinformatická analýza vlivu vybraných variant v sekvencích proteinu zvolené membránově vázané isoformy adenylátcyklas na funkci tohoto enzymu

Bioinformatic analysis of the influence of selected variants in protein sequences of particular membrane-bound adenylate cyclase isoform on the function of this enzyme

Bc. Martin Šindelář
Anotace

Adenylátcyklasy (AC) jsou enzymy zodpovědné za syntézu cyklického adenosinmonofosfátu (cAMP). cAMP je signální molekula popisovaná jako druhý posel. V organismu živočichů slouží jako intracelulární přenašeč intercelulárních signálů prvních poslů, kterými můžou být například hormony. cAMP signální dráha je zodpovědná za mnohé biologické funkce, jako například maturace zárodečných buněk, regulace imunitního …více

Abstract

Adenylate cyclases (AC) are enzymes responsible for the synthesis of cyclic adenosine monophosphate (cAMP). cAMP is a signaling molecule described as a secondary messenger. In animals, it act as intracellular transporters of intercellular signals so called primary messengers, such as hormones. The cAMP signaling pathway is responsible for many biological functions such as germ cell maturation, regulation …více

Klíčová slova
Adenylátcyklasy cAMP SNP Mutace Bioinformatika gnomAD Molekulární dokování Adenylate cyclases Mutations Bioinformatics Molecular docking
Zadání práce

1. Identifikace membránově vázaných isoforem adenylátcyklas (ADCY) s nejlépe popsanou proteinovou strukturou.

2. Výběr isoformy ADCY pro následnou analýzu na základě biologického významu v organismu.

3. Vyextrahování všech možných variant v sekvencích proteinu vybrané ADCY isoformy na základě dat získaných z projektu „1000 genome“.

4. Nalezení reakčních míst, kavit případně jiných důležitých míst pro funkci vybrané ADCY isoformy na základě analýzy 3D modelu a na základě mnohonásobném přiložení.

5. Na základě výsledků z kroku 4. zúžit výběr proteinových variant na ty, u kterých proběhla záměna aminokyseliny (proteinové sekvence) ve funkčním místě.

6. Vybrat ty mutace, u kterých byla původní aminokyselina zaměněna za aminokyselinu, která mohla ovlivnit funkci či strukturu, a tudíž by mohla ovlivnit funkci dané ADCY isoformy.

7. Porovnání s polymorfismy s již anotovaným klinickým významem ve vybrané ADCY a interpretace získaných výsledků s ohledem na možný dopad na funkci v buňce případně patologickém procesu.

Doporučený rozsah samotného textu diplomové práce je 40 až 60 stran.

Práce na zadaném úkolu bude průběžně konzultována s vedoucím diplomové práce.

Kontrola řešených úkolů bude prováděna pravidelně na odborném semináři Oddělení patofyziologie volných radikálů BFÚ.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 5. 2019 17:08, prof. Mgr. Lukáš Kubala, Ph.D., učo 7056
Plný text práce
2,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
11. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Lukáš Kubala, Ph.D., učo 7056
ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Josef Houser, Ph.D., učo 77781
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.