Bakalářská práce

Vysokokapacitní screening telomerových sekvencí ve veřejně dostupných databázích sekvenčních dat nové generace

High-throughput screening of telomeric sequences in publicly available next generation sequence data databases

Michal Bubeník
Anotace

Hlavním cílem této bakalářské práce je vyvinout postup automatického zpracování veřejně dostupných sekvenčních dat nové generace, jež jsou uložena v~databázi SRA, pomocí nástrojů pro nalezení tandemových repetic. Screening zahrnuje alespoň jeden datový soubor pro každý (v~té době) dostupný sekvenovaný eukaryontní druh. Jeho hlavním účelem je identifikace kandidátů na neobvyklé (změněné nebo nové) telomerové …více

Abstract

The main aim of this bachelor thesis is to develop a procedure of automatic processing of publicly available next-generation sequencing data stored in the SRA database by tools for finding tandem repeats. The screening covers at least one data set for each (at that time) available sequenced eukaryotic species. Its main objective is to identify candidates for unusual (modified or new) telomeric sequences …více

Klíčová slova
automatizace databáze fylogeneze high-throughput screening NGS SRA telomery automation databases phylogeny telomeres
Zadání práce
Telomery jsou nukleoproteinové struktury na koncích eukaryotických chromozomů. Jejich cílem je vytvářet ochranný komplex telomerové DNA a proteinů. Cílem bakalářské práce je vyvinout automatický postup pro HTS (high-throughput screening) ve veřejně dostupných NGS (next generation sequencing) datových souborech. Výstupy plánovaného HTS poskytnou cenné informace o celé řadě neznámých telomerových sekvencí, například u prvokových parazitů, houbových mikroorganismů a škůdců ze skupiny bezobratlých živočichů. Student vypracuje bakalářskou práci ve spolupráci s oddělením Radiobiologie a buněčné biologie Biofyzikálního ústavu AVČR, v.v.i. Úkolem studenta bude: 1. Navrhnout automatizovaný postup high-throughput screeningu telomerových sekvencí v databázi Sequence Read Archive (NCBI), 2. Vyhledat změněné a nové telomerové sekvence napříč eukaryotickou evolucí, 3. Analyzovat vlastní sekvenační data z vybrané čeledi rostlin, 4. Sestrojit fylogenetický strom z NGS dat.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 6. 2020 10:13, Mgr. Vratislav Peška, Ph.D., učo 21286
Plný text práce
1,8 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
3. 7. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Vratislav Peška, Ph.D., učo 21286
abs PřF MU

Oponent

Mgr. Petra Hloušková, Ph.D., učo 141799
CGR MCGPR CEITEC MU

Literatura

  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121.
  • Bioinformatics for high throughput sequencing. Edited by Naiara Rodríguez-Ezpeleta - Michael Hackenberg - Ana M. Aransay. New York, NY: Springer, 2012, xi, 255. ISBN 9781461407812.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.