Diplomová práce

Podíl falešné pozitivity ve studiích alternativního sestřihu v závislosti na volbě mapovacího algoritmu pro RNAseq dat

False discovery rate in alternative splicing studies as a function of RNAseq alignment algorithm

Bc. Anna Bílková
Anotace

Sekvenování nové generace je v dnešní době pravděpodobně nejpoužívanější technika pro identifikaci primární struktury nukleových kyselin. Pro odhalení všech transkriptů v buňce v daném okamžiku se využívá RNA sekvenování. Stěžejním krokem analýzy dat pocházejících ze sekvenování nové generace je přiřazení krátkého čtení k referenčnímu genomu či transkriptomu. Během několika posledních let bylo vyvinuto …více

Abstract

Nowadays, next-generation sequencing is probably the most important technique for rapid and accurate discovery of the primary structure of nucleic acids. RNA sequencing is used to reveal the presence of all transcripts in the cell in a particular moment. The fundamental task of next generation sequencing data analysis is the alignment of reads to an annotated reference genome or transcriptome. Many …více

Klíčová slova
sekvenování nové generace RNA sekvenování mapování alternativní sestřih detekce alternativního sestřihu next generation sequencing RNA sequencing alignment alternative splicing alternative splicing detection
Zadání práce
Hlavním cílem této práce je porovnat efekt různých RNAseq mapovacích algoritmů na falešnou pozitivitu v detekci alternativního sestřihu z RNAseq dat.

V této práce studentka:

1. Udělá přehled nejnovějších RNAseq mapovacích algoritmů a také metod pro detekci alternativního sestřihu a vybere ty nejvhodnější pro porovnání
2. Vybere simulované a skutečné RNAseq datové soubory
3. Porovná vypočetní komplexitu analýzy pomocí kominace vybraných algoritmů a metod
4. Vyhodnotí vliv mapovacího algoritmu na podíl falešné pozitivity v detekci alternativního sestřihu

Tato práce bude napsaná v angličtině.

--------------------------------------------------------------------------------- The main aim of this work is to compare different RNAseq alignment algorithms and their effect on detection of alternative splicing events in RNAseq data.

In this work, the student will:

1. Make a review of the state-of-the-art RNAseq aligner algorithms as well as methods for detection of differential splicing events (DSEm) and select the most performing methods for comparison
2. Select simulated and real RNAseq datasets that will be used in the study
3. Compare the computational complexity of the analysis pipeline aligner + DSEm combinations
4. Evaluate effect of aligner on the false discovery rate of alternative splicing detection

The thesis will be written in English.

Literature
WENYUAN LI, CHAO DAI, SHULI KANG, XIANGHONG JASMINE ZHOU, 2014: Integrative analysis of many RNA-seq datasets to study alternative splicing. Methods 67. 313–324.
YARDEN KATZ, ERIC T. WANG, EDOARDO M. AIROLDI, CHRISTOPHER B. BURGE, 2010: Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying isoform regulation. Nature Methods 7. 1009-1015
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
24. 5. 2016 09:06, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
3,9 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
22. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
IBA SpolP LF MU

Oponent

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.