Kolorektální karcinom je heterogenní nemoc a včasné rozpoznání vysoce rizikových jedinců u včasných stádií onemocnění je pořád velice náročné. Z předchozích výzkumů se ukazuje, že morfologická heterogenita nádoru by mohla být významným faktorem ovlivňujícím prognózu pacienta.
Cílem této práce je zjistit, jestli je genová exprese částí nádoru (napr. invazivní fronta vs nádor) vhodnější zdroj prediktorů relapsu než genová exprese celé části nádoru.

K dispozici je soubor 40 pacientů stádia II KRK rozdělených do dvou skupin: pacienti s relapsem do 5 let a pacienti bez relapsu 6 a více let, u kterých byla provedena analýza transkriptomu s pomocí mikročipů a to buď celé sekce nádoru nebo jeho částí.

Studentka:

1. provede rešerši dostupné literatury na dané téma
2. vybere klasifikátory a stanoví postup jejich srovnání
3. natrénuje klasifikátor (s krosvalidací) na transkriptomických datech celých sekcí nádorů a pak transkriptomu jeho částí
4. porovná výsledné klasifikátory
5. výsledky interpretuje


Doporučená literatura:
Straker RJ 3rd, Heo DHJ, Shannon AB, Fraker DL, Shanmugan S, Schneider CJ, Mahmoud NN, Miura JT, Karakousis GC. Predictive risk-score model for selection of patients with high-risk stage II colon cancer for adjuvant systemic therapy. Surgery. 2022 Jun;171(6):1473-1479. doi: 10.1016/j.surg.2021.10.066. Epub 2021 Nov 30. PMID: 34862070.

Di Narzo AF, Tejpar S, Rossi S, Yan P, Popovici V, Wirapati P, Budinska E, Xie T, Estrella H, Pavlicek A, Mao M, Martin E, Scott W, Bosman FT, Roth A, Delorenzi M. Test of four colon cancer risk-scores in formalin fixed paraffin embedded microarray gene expression data. J Natl Cancer Inst. 2014 Sep 22;106(10):dju247. doi: 10.1093/jnci/dju247. PMID: 25246611.