Disertační práce

Methods and workflows for analysis of high-throughput sequencing data

Mgr. Jan Oppelt
Anotace

Výrazné snížení nákladů vysoce výkonného sekvencování v posledních několika letech, zpřístupnilo tyto metody široké škále vědců. Chceme-li získat informace skryté v sekvenačních datech, musíme je zpracovat pomocí bioinformatických metod - workflow. Workflow se skládají z mnoha samostatných kroků, počínaje designem experimentu, přes počáteční kontrolou hrubých dat a mnohé kroky kontroly kvality až po …více

Abstract

The significant decrease in the cost of high-throughput sequencing during the past few years has made it available for a wider scope of researchers. To extract information hidden in sequencing data, we need to process it using bioinformatics methods - workflows. Workflows consist of many separate steps starting with experimental design, through the initial check of raw data, and various quality control …více

Klíčová slova
vysoce výkonné sekvenovánı workflow metody analýza genová exprese varianty transkriptom genom high-throughput sequencing methods analysis gene expression variants transcriptome genome
Zadání práce
Vysoce výkonné sekvenování (rovněž nazýváno sekvenování nové generace) je nedávno vyvinutým přístupem pro získávání informací o primární struktuře nukleových kyselin. Díky masivně paralelnímu zpracování vzorků poskytuje tato metoda velmi rychle obrovské množství sekvenčních dat. Uvedená data obsahují mnoho informací užitečných pro oblast medicíny, biotechnologií, farmacie apod. Jednou z velkých výzev současnosti je však nutnost zvládnout analýzu těchto velmi rozsáhlých a složitých dat. Uvedená analýza zahrnuje několik kroků - např. kontrolu kvality, anotaci sekvencí, statistické vyhodnocení apod.. Proto je pro její realizaci nutno vytvořit sofistikovaná workflow, implementující všechny uvedené kroky. Práce je zaměřena například na následující oblasti:
  • Studium metodik, postupů a softwarových nástrojů pro analýzu dat z vysoce výkonného sekvenování (včetně porovnávání efektivity těchto nástrojů).
  • Sestavování vhodných workflow zaměřených na analýzu určitého typu dat - např. dat týkajícícg se různých organismů (člověk, rostliny, zvířata), různých nukleových kyselin (DNA, RNA) nebo různých částí genomu (celý genom, expresní genom, ...).
  • Aplikace uvedených metodik pro řešení určitých konkrétních medicínských nebo biologických otázek.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 7. 2018 19:45, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Plný text práce
2,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
10. 10. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
NCBR PřF MU

Oponenti

Mgr. Josef Pasulka, Ph.D.
abs PřF MU, Ústav molekulární genetiky AV ČR
Dr. Attila Gyenesei
VBCF Vídeň

Konzultanti

prof. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D., učo 101627
NCBR PřF MU
prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie (čtyřleté)
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.