Bakalářská práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Systém na integraci bioinformatických nástrojů pro analýzu tunelů v proteinech

A System for Integration of Bioinformatics Tools for Analyzing Protein Tunnels

Jan Štourač
Anotace

Hlavním cílem této práce bylo vyvinout webový portál pro analýzu tunelů v proteinech. Tunely často hrají klíčovou roli ve funkci proteinů a znalost jejich umístění, geometrických vlastností a fyzikálně-chemických parametrů tak umožňuje lepší pochopení funkce proteinů a v neposlední řadě umožňuje tyto vlastnosti měnit s využitím proteinového inženýrství. Portál CAVER Web poskytuje přímočarý způsob, …více

Abstract

The main aim of this thesis was to develop a web portal for analysis of tunnels in proteins. Tunnels often play a key role in the function of proteins, and knowledge of their location, geometrical parameters and physico-chemical properties provides the way to better understanding protein function and also creates a possibility to modify these properties of tunnels by protein engineering. Using only …více

Klíčová slova
CAVER 3.0 CAVER Web tunel protein výpočetní geometrie bioinformatická platforma integrace nástrojů
Zadání práce
Rutinní analýza molekulárních tunelů v proteinech vyžaduje použití několika různorodých bioinformatických nástrojů pro řešení jednotlivých dílčích úloh. Přitom jsou kladeny vysoké nároky na přípravu vstupních dat a detailní znalost těchto nástrojů pro správné nastavení dílčích výpočtů. Cílem této práce bude navrhnout a implementovat systém umožňující efektivní automatizaci celého procesu. Důraz bude kladen především na modularitu celého systému a přívětivé uživatelské rozhraní, které umožní zvolit a zobrazit statickou strukturu proteinu, nastavit parametry výpočtu, uskutečnit samotný výpočet na vzdáleném výpočetním serveru a zobrazit a analyzovat výsledky.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 5. 2015 07:53, Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Plný text práce
1,3 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
19. 6. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Oponent

Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Konzultant

doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.