Disertační práce

Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování

Relationships between enzyme access pathways and catalytic activity by the methods of molecular modeling

Mgr. Ondřej Vávra, učo 393643
Anotace

Tunely v enzymech spojují zanořená aktivní místa s vnějším prostředím a umožňují transport molekul ligandů. Tvar a fyzikálně-chemické vlastnosti těchto tunelů ovlivňují selektivitu, specificitu a aktivitu enzymů s konkrétními ligandy. Aminokyseliny tvořící stěny tunelů mohou být cíleny v proteinovém inženýrství za účelem navržení nových variant enzymů s vylepšenými vlastnostmi. Interakce enzymů s ligandy …více

Abstract

Tunnels in enzymes connect buried active sites with the outer environment to allow the transport of ligand molecules. The shape and physicochemical properties of these tunnels influence the enzyme selectivity, specificity, and activity for particular ligands. Tunnel-lining residues can be targeted in protein engineering to design novel enzyme variants with improved properties. In silico methods can …více

Klíčová slova
CaverDock Dataset Dokování Enzym Příbuzný ligand Kapsa Molekulová dynamika Protein Transport ligandu Tunel Cognate ligand Docking Enzyme Ligand transport Molecular dynamics Tunnel Pocket
Zadání práce
Projekt se bude zabývat strukturně-funkčními vztahy v enzymech. Budou studovány souvislosti spojující geometrii aktivního místa a přístupových cest s aktivitou enzymů. Získané informace o enzymech a ligandech budou použity k porozumění problematiky a následnému návrhu mutantů s požadovanými parametry. K popisu enzymů budou využívány metody bioinformatiky a molekulového modelování, jako např. molekulová dynamika, molekulový docking a kvantově chemické výpočty. Získané znalosti budou dále uplatněny při testování a vývoji softwaru pro proteinové inženýrství a analýzu enzymů. (Poznámka: před podáním přihlášky se vyžaduje, aby případní zájemci kontaktovali školitele - prof. Damborský - jiri@chemi.muni.cz)
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 4. 2023 08:31, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441
Plný text práce
10,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
20. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441
ÚEB Biol PřF MU

Oponenti

prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
ext ÚBioch Chem PřF MU, Katedra fyzikální chemie, UPOL, Olomouc
prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
ext PřF MU, Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT, Praha

Konzultant

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D., učo 222755
ÚEB Biol PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Matematická biologie, bioinformatika a modelování

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.